Os peixes são essenciais na dieta humana, sendo uma grande fonte proteica. No entanto, por serem altamente perecíveis, tornam-se mais suscetíveis à contaminação por microrganismos oportunistas e patogênicos, caso as condições higiênico-sanitárias estejam insatisfatórias. Este estudo visa analisar a microbiota dos pescados comercializados para consumo humano, assim como identificar potenciais patógenos de importância na saúde pública. Um total de 20 amostras de swab dos peixes jaraqui (Semaprochilodus taeniurus) e sardinha-comprida (Triportheus elongatus), comercializados no Mercado Municipal Adolpho Lisboa – AM, foram coletadas, mantidas em meio de transporte Stuart, semeadas em ágar cromogênico, incubadas e os isolados identificados por meio de análises bioquímicas. Foram identificadas espécies bacterianas de Proteus mirabilis (19), Citrobacter freundii (18), Acinetobacter baumannii (16), Enterococcus sp. (13), Klebsiella pneumoniae (12) e Escherichia coli (8). Estes resultados sugerem a presença de indicadores de contaminação que podem estar diretamente relacionados à má manipulação dos peixes.