Detecting Natural Selection in Genomic Data

Vitti, Joseph J.; Grossman, Sharon R.; Sabeti, Pardis C.

doi:10.1146/annurev-genet-111212-133526

Cited by 555 publications

(587 citation statements)

References 141 publications

(91 reference statements)

Supporting

Mentioning

575

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…There has also been a focus in the recent literature on the use of genomics for investigating natural selection, with particular attention paid to the promise and pitfalls of using genomic data for identifying loci associated with environment/climate (Schoville et al 2012;Vitti et al 2013;Tiffin and RossIbarra 2014;Bragg et al 2015). Here, we consider two genomic techniques that hold real promise in advancing our understanding of plant adaptation and highlight how we can use this knowledge to more clearly direct conservation actions.…”

Section: The Genomics Era: Signatures Of Selection and Gene Expressionmentioning

confidence: 99%

Constraints to and conservation implications for climate change adaptation in plants

2015

View full text Add to dashboard Cite

Contemporary climate change is having widespread impacts on plant populations. Understanding how plants respond to this change is essential to our efforts to conserve them. The key climate responses of plant populations can be categorised into one of three types: migration, in situ adaptation, or extirpation. If populations are to avoid extirpation then migration and/or in situ adaptation is essential. In this review we first articulate the current and future constraints of plant populations, but trees in particular, to the different adaptation strategies (e.g. space availability, rate of change, habitat fragmentation, niche availability). Secondly, we assess the use of the most appropriate methods (e.g. natural environmental gradients, genome and transcriptome scans) for assessing and understanding adaptive responses and the capacity to adapt to future challenges. Thirdly, we discuss the best conservation approaches (e.g. assisted migration, biodiversity corridors, ex situ strategies) to help overcome adaptive constraints in plants. Our synthesis of plant, and particularly tree, responses and constraints to climate change adaptation, combined with the identification of conservation strategies designed to overcome constraints, will help deliver effective management actions to assist adaptation in the face of current and future climate change.

show abstract

Section: The Genomics Era: Signatures Of Selection and Gene Expressionmentioning

confidence: 99%

Constraints to and conservation implications for climate change adaptation in plants

2015

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…Strains of DNA from humans and extinct hominins with over a hundred thousand years of age have been extracted from bodily remains and researchers have devised strict protocols to enable their genetic sequencing with the highest fidelity [165]. Statistical methods designed to detect the presence of natural selection in genomic data are being continuously improved [166]. In the light of these technical accomplishments, the story of "Man, the Hunter" against "Woman, the Gatherer" may no longer be a more hermeneutical exercise of "just-so stories" over the deep history of piles of broken bones but a more precise direction course can be ascertained.…”

Section: The Objection From Contextual Empiricismmentioning

confidence: 99%

The Unreasonable Destructiveness of Political Correctness in Philosophy

Doria¹

2017

Philosophies

View full text Add to dashboard Cite

I submit that epistemic progress in key areas of contemporary academic philosophy has been compromised by politically correct ("PC") ideology. First, guided by an evolutionary account of ideology, results from social and cognitive psychology and formal philosophical methods, I expose evidence for political bias in contemporary Western academia and sketch a formalization for the contents of beliefs from the PC worldview taken to be of core importance, the theory of social oppression and the thesis of anthropological mental egalitarianism. Then, aided by discussions from contemporary epistemology on epistemic values, I model the problem of epistemic appraisal using the frameworks of multi-objective optimization theory and multi-criteria decision analysis and apply it to politically correct philosophy. I conclude that philosophy guided by politically correct values is bound to produce constructs that are less truth-conducive and that spurious values which are ideologically motivated should be abandoned. Objections to my framework stemming from contextual empiricism, the feminine voice in ethics and political philosophy are considered. I conclude by prescribing the epistemic value of empirical adequacy, the contextual value of political diversity and the moral virtue of moral courage to reverse unwarranted trends in academic philosophy due to PC ideology.

show abstract

“…Ce concept s'applique aux variations génétiques ayant un effet sur le phénotype et inclut l'adaptation génétique aux différents facteurs environnementaux. Ainsi, la fréquence des mutations ayant un effet fortement délétère sur l'organisme diminue rapidement jusqu'à ce que ces variants soient éliminés de la population par l'action de la sélection purificatrice 2 …”

Section: Immunité Innée Et Maladies Chez L'hommeunclassified

Immunité innée et maladies chez l’homme

Deschamps

2016

Med Sci (Paris)

View full text Add to dashboard Cite

> Les pressions de sélection exercées par les pathogènes ont participé à façonner la variabilité du génome humain au cours de notre évolution. Les approches de génétique évolutive et de génétique des populations permettent d'étudier la forme et l'intensité de ces forces évolutives. Ces études ont mis en évidence l'importance fonctionnelle de certains gènes, l'implication d'autres dans l'adaptation de l'homme à son environnement pathogénique, ainsi que le maintien d'allèles archaïques supposés avantageux pour notre espèce. Cependant, avec l'avènement de traitements préventifs et curatifs, la sélection exercée par les pathogènes s'est récemment relâchée et des allèles ayant conféré un avantage à nos ancêtres se révèlent parfois être impliqués dans des troubles du système immunitaire, comme l'auto-immunité et l'inflammation. < tante de sa taille efficace 1 , laissant libre cours à l'action de la dérive génétique, c'est-à-dire à la variation stochastique des fréquences alléliques au cours des générations. L'histoire démographique de l'espèce humaine inclut aussi de nombreux mélanges entre populations qui sont à l'origine d'une partie de la diversité génétique humaine. En effet, certaines populations migrantes se sont mêlées aux individus précédemment installés, augmentant la diversité génétique de la population receveuse. Cet échange a aussi pu se faire entre notre espèce et une autre suffisamment proche génétiquement pour qu'il y ait interfécondation. On parle alors de flux de gènes ou d'introgression. L'ensemble de cette diversité génétique a été également modelé par la sélection naturelle. Ce concept s'applique aux variations génétiques ayant un effet sur le phénotype et inclut l'adaptation génétique aux différents facteurs environnementaux. Ainsi, la fréquence des mutations ayant un effet fortement délétère sur l'organisme diminue rapidement jusqu'à ce que ces variants soient éliminés de la population par l'action de la sélection purificatrice 2 . Dans le cas d'une mutation défavorable mais non délétère, le variant peut persister à faible fré-quence dans la population. La sélection positive, ou d'autres formes 1 On définit l'effectif efficace de la population (ou taille efficace) comme l'effectif d'une population théorique idéale pour laquelle on aurait une fluctuation du polymorphisme équivalente à celle de la population naturelle. 2 La sélection naturelle peut prendre de nombreuses formes et agir avec des intensités différentes. Les séquences codantes sont principalement soumises à l'action de la sélection dite « négative » ou, dans sa forme la plus extrême, « purificatrice ». Cette sélection diminue la fréquence des mutations qui s'avèrent défavorables à leurs porteurs dans un environnement donné.Institut Pasteur, Unité de Génétique Évolutive humaine, Département Génomes et Génétique, 25, rue du Docteur Roux,

show abstract

Detecting Natural Selection in Genomic Data

Cited by 555 publications

References 141 publications

Constraints to and conservation implications for climate change adaptation in plants

Constraints to and conservation implications for climate change adaptation in plants

The Unreasonable Destructiveness of Political Correctness in Philosophy

Immunité innée et maladies chez l’homme

Contact Info

Product

Resources

About