Desenvolvimento, validação e aplicação de método molecular baseado na análise do rRNA para a identificação das bactérias formadoras de biofilme metabolicamente ativas na superfície das membranas de osmose reversa.

Desenvolvimento e validação de método para a identificação de micro-organismos metabolicamente ativos em biofilmes de amostras ambientais através da análise de rRNA 16S.

“…Isto é devido a persistência do DNA no ambiente mesmo após a morte celular (QIN et al, 2008). Estes fatores credenciam o RNA ribossômico como molécula-alvo mais adequada para a identificação das bactérias formadoras de biofilme metabolicamente ativas (ALMEIDA, 2009;FELSKE et al, 2000;MORGAN et al, 2002). No entanto o RNA é uma molécula menos estável do que o DNA, podendo ser degradado por diversos fatores químicos, bioquímicos e físicos do ambiente como calor, pH, íons metálicos e ribonucleases (BRISCO, 2012;EIGNER, 1961).…”

“…Dentre algumas medidas para minimizar os vieses de PCR causados por moldes estruturalmente heterogêneos na mistura estão, a emulsificação da reação de PCR com óleo de silicone (Hori et al, 2007) e a redução do número de ciclos na reação de PCR (SUZUKI e GIOVANNONI, 1996;WILSON e BLITCHINGTON, 1996;WHITFORD et al, 1998 , 2003;LIANG et al, 2008). Isto é devido a capacidade de isolar cada fragmento clonado em UFC, permitindo o estudo preciso de taxonomia e a detecção de grupos minoritários, os quais são difíceis de detectar por técnicas de "fingerprinting" (ALMEIDA, 2009).…”

“…As desvantagens da técnica de clonagem são: o alto tempo consumido; o método é laborioso; a extração de ácido nucleico pode ser dificultada quando a amostra é de solo ou sedimento; muitos clones têm que ser sequenciados para atingir cobertura amostral; a técnica não é quantitativa, pois a etapa de PCR pode intensificar ou mascarar a quantidade dos moldes heterogêneos devido às diferenças de acessibilidade aos sítios das moléculas de DNA pelos componentes da reação (ALMEIDA, 2009;SANZ;KOCHLING, 2007).…”

“…Para a identificação de populações de bactérias em uma amostra complexa com uma diversidade grande de espécies de micro-organismos, é necessária a utilização de técnicas independentes de cultivo, também conhecidas como técnicas moleculares. As técnicas tradicionais de identificação bacteriana são baseadas no isolamento do organismo em meio de cultivo, porém, estes procedimentos são inadequados para identificação de bactérias de amostras ambientais, pois os meios de cultura artificiais não são capazes de mimetizar com precisão os diferentes nichos ecológicos (ALMEIDA, 2009;GIOVANNONI et al, 1990;TORSVIK et al, 1998). As reproduções de sistemas naturais em laboratório para pesquisas com biofilme utilizam um número controlado de micro-organismos, sendo uma grande simplificação dos processos naturais.…”