Description of a One-Year Succession of Variants of Interest and Concern of SARS-CoV-2 in Venezuela

Abstract

Some of the lineages of SARS-CoV-2, the new coronavirus responsible for COVID-19, exhibit higher transmissibility or partial resistance to antibody-mediated neutralization and were designated by WHO as Variants of Interests (VOIs) or Concern (VOCs). The aim of this study was to monitor the dissemination of VOIs and VOCs in Venezuela from March 2021 to February 2022. A 614 nt genomic fragment was sequenced for the detection of some relevant mutations of these variants. Their presence was confirmed by complete genome sequencing, with a correlation higher than 99% between both methodologies. After the introduction of the Gamma VOC since the beginning of the year 2021, the variants Alpha VOC and Lambda VOI were detected as early as March 2021, at a very low frequency. In contrast, the Mu VOI, detected in May 2021, was able to circulate throughout the country. After the detection of the Delta VOC in June 2021, it became the predominant circulating variant. With the arrival of the Omicron VOC in December, this variant was able to displace the Delta one in less than one month.

Cambios en las características clínicas y desenlaces de pacientes hospitalizados por COVID-19 durante dos años de pandemia: experiencia en un hospital venezolano

“…Es probable que los principales factores que han influido en el presente estudio sobre el elevado número de ingresos durante las segunda y terceras olas sean la elevada trasmisibilidad y patogenicidad de las variantes circulantes (gamma y delta) y la flexibilización de las medidas restrictivas. Por otra parte, el predominio de la variante ómicron (de alta transmisibilidad y baja patogenicidad) durante la cuarta ola, más el avance en la vacunación, son probablemente los factores con mayor influencia en el comportamiento de los ingresos en ese período (30)(31)(32) .…”

“…La circulación de variantes del SARS-CoV-2 se realizó mediante la identificación de estas en muestras de la población general del Distrito Capital y estado Miranda, basado en secuenciación de un fragmento pequeño del gen de superficie del genoma viral, con confirmación de la identificación de variantes mediante secuenciación del genoma completo (27)(28)(29)(30) .…”

“…La tercera ola se caracterizó por una mayor diversidad de circulación de variantes, tanto VOI como VOC, manteniéndose en junio del 2021 el predominio de la VOC gamma, en agosto del 2021 una frecuencia similar de circulación de las VOC gamma y delta y de la VOI mu en menor proporción, para luego a partir de septiembre del 2021 el predominio de delta hasta final de año. La cuarta ola se caracterizó por la circulación casi exclusiva de la VOC ómicron (30) .…”

“…La disminución en la edad (10% menor el grupo >65 años) y en la proporción de hombres (8-16% menor) en la segunda y tercera ola respecto a la primera, también pueden haber influido en la disminución de la letalidad. Es probable que el aumento de hospitalización de grupos más jóvenes durante las segunda y tercera ola pueda estar parcialmente relacionado con la vacunación, que en un principio priorizó los grupos de edad avanzada.Finalmente, la disminución en la gravedad y mejoría en los desenlaces también podrían explicarse parcialmente por los cambios de las variantes circulantes (27)(28)(29)(30) . Durante la primera ola no circuló ninguna variante, la segunda se caracterizó por la circulación mayoritaria de la variante gamma, la tercera por las variantes gamma, delta y mu y la cuarta por ómicron (27)(28)(29)(30) .…”

“…Es probable que el aumento de hospitalización de grupos más jóvenes durante las segunda y tercera ola pueda estar parcialmente relacionado con la vacunación, que en un principio priorizó los grupos de edad avanzada.Finalmente, la disminución en la gravedad y mejoría en los desenlaces también podrían explicarse parcialmente por los cambios de las variantes circulantes (27)(28)(29)(30) . Durante la primera ola no circuló ninguna variante, la segunda se caracterizó por la circulación mayoritaria de la variante gamma, la tercera por las variantes gamma, delta y mu y la cuarta por ómicron (27)(28)(29)(30) . Aunque las mutaciones en las nuevas variantes se relacionan con mayor infectividad y carga viral, la evidencia indica asociación con menor gravedad de la enfermedad.…”