Desain Primer Gen 12S sRNA dari DNA Mitrokondria Babi (Sus scrofa) secara In Silico sebagai Kandidat Primer dalam Analisis Molekuler Kehalalan Produk

Fakih, Taufik Muhammad; Wijaya, Salsabilla; Priani, Sani Ega

doi:10.25077/jsfk.8.3.316-322.2021

Cited by 2 publications

(3 citation statements)

References 34 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Order By: Relevance

“…Standar pembuatan primer yang baik menurut Kalendar et al (2011) yaitu length (nt) lebih dari 21 basa, Tm berkisar 60-68 C, nilai GC sebesar 50%, dan primer quality lebih dari 95%. Namun menurut Fakih et al (2021) nilai Tm 50-65 C dapat memenuhi kriteria primer yang baik dan dapat berpotensi dijadikan DNA barcode.…”

Section: Pembahasanunclassified

“…Tm merupakan suhu leleh di mana setengah dari dupleks DNA akan berdisosiasi atau lepas ikatan menjadi untai tunggal (Borah, 2011). Tm yang dihasilkan primer forward dan primer reverse berturut-turut yaitu 60,8 C dan 59,6 C yang berarti telah memenuhi standar kriteria primer yang ideal menurut Fakih et al (2021) dengan rentang suhu 50-65 C. Tm yang terlalu tinggi di atas 65 C akan mengurangi keefektifitas annealing sehingga mengganggu proses amplifikasi DNA.…”

Section: Pembahasanunclassified

“…Jika primer menghasilkan %GC yang rendah, maka primer tidak dapat berkompetisi secara efektif untuk menempel pada DNA template sehingga dapat menurunkan efisiensi primer pada proses PCR (Handoyo & Rudiretna, 2001). Panjang amplikon yang dihasilkan pasangan primer tumbuhan langka yaitu 470 bp, sedangkan panjang amplikon standar PCR menurut Fakih et al (2021) yaitu berkisar 100-500 bp. Hal ini menandakan bahwa pasangan primer yang dihasilkan telah memenuhi standar kriteria desain primer, sehingga primer tersebut dapat memberi kontribusi dalam mendeteksi kelangkaan jenis suatu tumbuhan.…”

Section: Pembahasanunclassified

See 2 more Smart Citations

Pengembangan Primer Diagnostik Menggunakan Penanda mat-K Secara In Silico untuk Mendeteksi Kelangkaan Jenis Tumbuhan Di Indonesia

Dzikrina,

Hidayat,

Sriyati

2023

Al-Kauniyah J. Biol.

View full text Add to dashboard Cite

Indonesia merupakan negara dengan kekayaan biodiversitas tertinggi di dunia. Terdapat sekitar 40.000 jenis tumbuhan yang tumbuh di Indonesia dan sebagian besar tumbuhan sudah menunjukkan kelangkaan. Penentuan kelangkaan suatu jenis tumbuhan dapat diketahui berdasarkan distribusi populasinya, namun membutuhkan waktu yang cukup lama. Ketidakstabilan genom akan terjadi pada jenis tumbuhan langka, karena tidak mampu beradaptasi pada ekosistem. Banyaknya tumbuhan yang terancam punah dan habitat asli yang rusak, maka mengharuskan para peneliti untuk mengetahui keberadaan dan melakukan pendataan terhadap keragaman jenis tumbuhan di Indonesia secara cepat. DNA barcoding merupakan teknik yang dikembangkan untuk mempercepat dan mempermudah proses identifikasi organisme dengan menggunakan potongan DNA tertentu. Tujuan dari penelitian ini adalah mencari primer spesifik untuk mendeteksi status kelangkaan pada tumbuhan menggunakan penanda mat-K secara in silico. Gen mat-K merupakan penanda umum yang direkomendasikan untuk analisis pada tumbuhan. Metode yang digunakan yaitu dengan pendekatan secara in silico karena waktu yang diperlukan relatif lebih singkat dan murah. Penelitian ini berhasil mendapatkan sepasang primer forward 1:F_1635–1657 dan primer reverse 1:R_2093–2113 dengan persentase keberhasilan amplifikasi yang dicapai sebesar 66%. Kedepannya, primer ini dapat digunakan untuk mengidentifikasi status kelangkaan pada tumbuhan.AbstractIndonesia is a country with the highest biodiversity wealth in the world. There are around 40,000 types of plants that grow in Indonesia and most of the plants are rare. Determining the rarity of a plant type can be determined based on its population distribution, but it takes quite a long time. Genome instability will occur in rare plant species, because they are unable to adapt to the ecosystem. The large number of plants that are threatened with extinction and their natural habitats are damaged requires researchers to quickly identify the existence and collect data on the diversity of plant species in Indonesia. DNA barcoding is a technique developed to speed up and simplify the process of identifying organisms using certain pieces of DNA. The aim of this research is to look for specific primers to detect rarity status in plants using mat-K markers in silico. The mat-K gene is a general marker recommended for analysis in plants. The method used is an in silico approach because the time required is relatively shorter and cheaper. This research succeeded in obtaining a pair of forward primers 1:F_1635–1657 and reverse primers 1:R_2093–2113 with a successful amplification percentage of 66%. In the future, this primer can be used to identify rarity status in plants.

show abstract

Section: Pembahasanunclassified

See 1 more Smart Citation

Pengembangan Primer Diagnostik Menggunakan Penanda mat-K Secara In Silico untuk Mendeteksi Kelangkaan Jenis Tumbuhan Di Indonesia

Dzikrina,

Hidayat,

Sriyati

2023

Al-Kauniyah J. Biol.

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

Specific Primer Design for Detection of gene Cyt b for Shark Species Prionace glauca and gene COI for Carcharhinus spp. Using Real-Time PCR Method

Abdullah,

Putri,

Nurilmala

2024

BIO Web Conf.

View full text Add to dashboard Cite

International market demand for sharks is increasing, thus increasing the number of catches of several shark species that are included in the International Union for Conservation of Nature’s (IUCN) Red List and the Convention International Trade of Endangered Species (CITES) Appendix II. Authentication using biomoleculars by utilizing DNA is necessary. This study was aimed to design specific primers based on cytochrome c oxidase I and cytochrome b marker genes for endangered sharks (Prionace glauca and Carcharhinus spp.) and to apply them in vitro to identify fishery products using real-time PCR techniques. This research begins with designing target species-specific primers. Designing a specific primer using BioEdit software. The Oligo Evaluator and NCBI’s Blast (Basic Local Alignment Search Tool) web tool for performing primary specification validation. The next stage is the sample preparation, DNA isolation, DNA amplification, DNA quality and quantity testing, and realtime PCR analysis. Primer’s design of target species Prionace glauca using cyt b gene and degenerate primer for genus Carcharhinus spp. COI gene markers were successfully carried out in silico. Efficient real-time PCR conditions of Prionace glauca and Carcharhinus spp. complies with testing standards using the real-time PCR method.

show abstract

Desain Primer Gen 12S sRNA dari DNA Mitrokondria Babi (Sus scrofa) secara In Silico sebagai Kandidat Primer dalam Analisis Molekuler Kehalalan Produk

Cited by 2 publications

References 34 publications

Pengembangan Primer Diagnostik Menggunakan Penanda mat-K Secara In Silico untuk Mendeteksi Kelangkaan Jenis Tumbuhan Di Indonesia

Pengembangan Primer Diagnostik Menggunakan Penanda mat-K Secara In Silico untuk Mendeteksi Kelangkaan Jenis Tumbuhan Di Indonesia

Specific Primer Design for Detection of gene Cyt b for Shark Species Prionace glauca and gene COI for Carcharhinus spp. Using Real-Time PCR Method

Contact Info

Product

Resources

About