Des animaux plus robustes : un enjeu majeur pour le développement durable des productions animales nécessitant l’essor du phénotypage fin et à haut débit

Abstract

L’enjeu majeur du phénotypage animal est d’acquérir une connaissance systémique de la robustesse des animaux d’élevage pour répondre au mieux à une double finalité en termes d’exploitation de la variabilité des aptitudes animales : une sélection éclairée vers des objectifs majeurs pour améliorer l’efficience et la robustesse des génotypes, et un élevage de précision exploitant la variabilité individuelle des animaux pour gagner en résilience à l’échelle du troupeau, ou pour améliorer la conduite à génotype donné. Deux défis majeurs de connaissance, interdépendants et communs à toutes les filières animales, sont à relever pour améliorer la robustesse des animaux : i) comprendre et prédire les compromis entre fonctions vitales, c’est-à-dire les changements de priorités dans l’allocation de ressources limitées ; ii) comprendre et exploiter les aspects temporels de la robustesse au cours de la vie de l’animal pour lui permettre de maintenir son niveau de production dans une large gamme d’environnements sans pour autant compromettre sa reproduction, sa santé et son bien-être. Atteindre ces objectifs nécessite de lever les verrous techniques suivants : i) définir des phénotypes complexes à partir de l’intégration de données obtenues à différentes échelles moléculaires, tissulaires, de l’animal ou d’une de ses fonctions ; ii) mettre en oeuvre des technologies à haut débit pour caractériser à moindre coût et le plus précisément possible le plus grand nombre d’animaux ; iii) développer d’importantes bases de données, des méthodes et outils informatiques performants, nécessaires aux traitements des informations à des fins de modélisation et de biologie prédictive.

Diversity of breeding practices is linked to the use of collective tools for the genetic management of the Corsican sheep breed

“…In dairy and meat goat herds in southern France, for example, Delaney (2018) has indicated that the integration of intensively raised breeding stock with high genetic potential in flocks submitted to a range of agroecological constraints (mountainous foraging) are successful if the external animals are integrated in the herd at a young age. Also, the internal replacement of female lambs is an important tool for the improvement of the flock performance in dairy sheep farms (Phocas et al 2014) and can help in offsetting the introduction of undesirable traits by means of long-term selection.…”

“…In parallel, selection goals applied by breeding schemes are constantly being reconsidered to respond to the increasing challenges of livestock farming systems, including social, economic and environmental concerns (Olesen et al, 2000;Tixier-Boichard et al, 2015;Phocas et al, 2016). In this context, discussion around the diversification of selection goals in small ruminant populations in the Mediterranean region includes growing concerns for functional traits to cope with harsh environments and limit the workload in farms (Marie-Etancelin et al, 2001;Dwyer and Lawrence 2005;Phocas et al, 2014). The need for breeding schemes to evolve concomitantly on these two aspects (genetic progress on traits included in the breeding goal, diversification of traits to respond contemporary challenges) raises the issue of combining standardised tools for the collective genetic improvement of a breed and the selection of a flock able to respond to the specific constraints of the farm and the farmer's objectives in terms of work and flock performance.…”

Quelles performances pour les animaux de demain ? Objectifs et méthodes de sélection

“…Il faut alors proposer de nouvelles combinaisons de caractères adaptées aux objectifs des éleveurs engagés dans un processus de modernisation (Ahlman et al, 2014). Dans toutes les filières animales, il s'agit d'orienter la sélection vers plus de robustesse, une gestion plus efficace de la santé et une efficacité alimentaire accrue des animaux en situation de ressources quantitativement et/ou qualitativement limitantes (Phocas et al, 2014a).…”

Modélisation de la flexibilité métabolique : vers une meilleure compréhension des capacités adaptatives de l’animal

“…La compréhension des modalités d'organisation entre les différents éléments mobilisés, de la nature des réactions et interactions qui les lient, et des voies de régulations à une ou plusieurs échelles est nécessaire pour analyser et prédire la réponse du système face à la perturbation ; l'aspect temporel de cette réponse est un des aspects majeurs à considérer pour appréhender sa robustesse (Phocas et al 2014).…”