OBJETIVOS: analisar o perfil de morbidade hospitalar de crianças indígenas atendidas na rede de serviços do Sistema Único de Saúde. MÉTODOS: Foram investigados 380 registros de internação hospitalar de crianças indígenas Suruí menores de 10 anos de idade atendidas na rede hospitalar do município de Cacoal, Rondônia, a partir de dados coletados no Hospital Materno-Infantil, instituição pública, e no Hospital Infantil e Maternidade Menino Jesus, instituição particular, no período de 2000 a 2004. Esses dois hospitais concentram o atendimento a indígenas no município. Utilizou-se a Classificação Internacional de Doenças (CID), 10.ª revisão, para a classificação dos diagnósticos. RESULTADOS: as doenças do aparelho respiratório - Cap. X (58,2%) figuraram como o principal motivo de internação hospitalar. Doenças infecciosas e parasitárias (Cap I) apresentaram-se como a segunda maior causa (35,0%) e afecções originadas no período perinatal (Cap XVI) como a terceira (3,2%). Outras causas contribuíram individualmente com menos de 1,5% do total, que somadas não atingiram 4%. A maioria das internações (65,5%) foram de crianças <2 anos de idade. O tempo médio de internação foi significativamente superior no hospital público em relação ao privado. CONCLUSÕES: O perfil de morbidade hospitalar observado nas crianças Suruí evidencia não somente a precariedade das suas condições de saúde, como também problemas estruturais no que tange às ações de atenção básica. Recomenda-se a realização de estudos que visem aprofundar aspectos epidemiológicos relacionados às internações hospitalares em populações indígenas, fundamentais para o desenvolvimento de ações de saúde mais adequadas.