RESUMO. Atheriniformes é representada por apenas três espécies na costa brasileira. A identificação de espécies e populações em alguns grupos de peixes de pequeno porte, útil na conservação biológica é restrita e decorrente em grande parte da ausência de características morfológicas conspícuas. Em geral peixes costeiros de pequeno porte são incluídos pelo senso comum em indistinto grupo polifilético que dependendo da região geográfica pode receber várias denominações populares. Entre estes muitas vezes são incluídos os atheriniformes brasileiros, cujos dados citogenéticos são ainda muito restritos. Visando contribuir para a identificação dos mecanismos de diversificação cariotípica na Ordem, foram analisadas citogeneticamente as espécies do gênero Atherinella, A. blackburni e A. brasiliensis através de coloração com Giemsa, Ag-RONs, bandamento C e fluorocromos base-específicos CMA 3 /DAPI. Ambas as espécies apresentam 2n=48 cromossomos, mas fórmulas cariotípicas distintas. Atherinella blackburni, possui um cariótipo formado por 38m (metacêntricos) + 6sm (submetacêntricos) + 4a (acrocêntricos) (NF=92; i.e. número de braços cromossômicos), enquanto que o cariótipo de A. brasiliensis é formado por 4m+14sm+18st+12a (NF=84). Sítios Ag-RONs (regiões GC+) estavam presentes no 1 o par (m) em posição telomérica, em A. blackburni e na porção terminal do braço curto do 3 o par (sm), em A. brasiliensis. O elevado conteúdo heterocromático, em ambas as espécies, está distribuído em regiões centroméricas e pericentroméricas, ocupando grande parte dos braços curtos na maioria dos cromossomos bibraquiais. Grande parte das heterocromatinas dos cromossomos de A. blackburni é rica em bases GC. A marcante diversificação cromossômica estrutural, entre as espécies aparentemente foi mediada por processos de inversões pericêntricas e heterocromatinização diferenciais.Palavras-chave: nomes de peixes, citogenética de peixes, heterocromatinização, citomarcadores taxonômicos.ABSTRACT: Marked karyotype differentiation between "manjubas" Atherinella blackburni and A. brasiliensis (Atheriniformes). Atheriniformes is represented by only three species in the Brazilian coast.Species and populations identifications in some small fishes, useful in biological conservation are restricted, due markedly to the absence of conspicuous morphological features. Generally small coastal fish are included at common sense in an indistinct polyphyletic group that depending on the geographic region may receive several popular designations. Among these often are included the Brazilians atheriniforms, whose cytogenetic data are still very limited. Aiming to identify the mechanisms of karyotypic diversification in this group, were analyzed cytogenetically Atherinella blackburni and A. brasiliensis by Giemsa staining, Ag-NOR, C-banding and base-specific fluorochrome CMA 3 /DAPI. Both species have 2n=48 chromosomes, but distinct karyotypes. So, Atherinella blackburni has 38m (metacentric) + 6sm (submetacentric) + 4a (acrocentric) (NF=92), while A. brasiliensis 4m +14 s...