Culture-dependent evaluation of the respiratory microbiome in children with cystic fibrosis

Abstract

The study aimed to assess the regional peculiarities of the respiratory profile of children with cystic fibrosis (CF) in the Dnipro region (Ukraine).
 Methods. Children living in the Dnipro region and aged younger than 18 years old with molecular-genetic confirmation of CF were enrolled in the study. Lung colonization was evaluated using a culture-dependent method. Sputum, mucus from the posterior pharyngeal wall and bronchoalveolar lavage fluid (BALF) were utilized.
 Results. The Firmicutes phylum was the most common and occupied 54.00 % of the general proportion. On the other hand, the Proteobacteria phylum demonstrated overexpression in CF airways and kept the second rank with 28.87 %.
 Sorensen's species similarity coefficient showed an allied affinity between the microbial burden of oropharyngeal samples with nasopharyngeal and sputum, QS = 0.61 and 0.91, respectively. However, the species composition within the nasal cavity was distinct from sputum and BALF (QS=0.47).
 The primary pathogens in childhood were S. aureus, H. influenza, P. aeruginosa and A. fumigatus. In contrast to gram-negative non-fermenters (GNNF), the prevalence of S. aureus isolates by age had a non-linear character. The commensal microbiota changed negatively with age. Among children under 12 years, the Streptococcus genus was identified in 23.08 % of the samples, but among the age category older than 15 – only in 9.22 %.
 11.06 % of S. aureus had small colony variants (SCVs) morphotypes. Isolates of P. aeruginosa with the properties of SCVs were also found in children who underwent prolonged antimicrobial treatment. However, the most prominent was the mucoid phenotype – 34.31 % of isolates.
 Conclusions. Along with conventional microbiological properties, obligate pathobionts in children with CF exhibited changes, resulting in difficulties in identification. These included auxotrophic modification into SCVs and mucoid transformation.
 The culture-dependent technique gives crucial data about the profile of pathogens usually associated with CF, although it is sufficiently limited

Особливості Мікробіологічних Досліджень В Стоматологічній Практиці

“…[10]. Запальні процеси внутрішніх карманів при пародонтиті/ периімплантиті відкривають вікно для системного поширення збудника, що також свідчить на користь мікробіологічної діагностики при згаданій патології [15].…”

“…Аналіз мікробіоти, фіксованої на слизовій оболонці, також може допомогти в діагностиці та оцінці деяких системних інфекцій з оральними проявами, таких як туберкульоз ротової порожнини і сифіліс [5,6,10] тощо. При муковісцидозі вивчення мікробного навантаження мазків з задньої стінки глотки може надати інформацію не тільки про пошкодження локальної мікробної спільноти, але й про етіологію ураження легень [15].…”

“…Для виділення грибів біологічний матеріал засівають на агар Сабуро з гентаміцином. Для неселективної культивації, виділення вибагливих мікроорганізмів та оцінки гемолітичної активності застосовується колумбійський агар з 5% овечої крові [12,15]. Засіяні чашки Петрі витримують в термостаті протягом 24-72 год при температурі 37 0 С. Чашки Петрі з кров'яним агаром та манітол-сольовим агаром рекомендують залишити за кімнатної температури до 5 діб для виділення малих колоніальних форм.…”

“…Засіяні чашки Петрі витримують в термостаті протягом 24-72 год при температурі 37 0 С. Чашки Петрі з кров'яним агаром та манітол-сольовим агаром рекомендують залишити за кімнатної температури до 5 діб для виділення малих колоніальних форм. Чашки Петрі з агаром Сабуро витримують до 7 діб (3 доби в термостаті та 4 за кімнатної температури) [12,15].…”