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Tozer, Tiffany; Heale, Kali A; Chagas, Caroline Manto; Barros, Andre Luis Branco; Alisaraie, Laleh

doi:10.1111/cbdd.13641

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“…Thirdly, an examination of the distances between the domains responsible for active site closure indicated markedly reduced molecular motion of the enzyme‐ 1 a* complex compared to the enzyme‐ 1 a complex (Figures 2F–H and S19). While Gt PyNP with bound 1 a exhibited oscillatory opening and closing motions on a timescale of around 11 ns (similar dynamics are known for the closely related thymidine phosphorylases), [64–70] binding of 1 a* largely arrested this process. Specifically, binding of 1 a* locks the enzyme in an open conformation by displacing a catalytically essential arginine residue, which reversibly adopts an inward position.…”

Section: Methodsmentioning

confidence: 64%

Biased Borate Esterification during Nucleoside Phosphorylase‐Catalyzed Reactions: Apparent Equilibrium Shifts and Kinetic Implications**

et al. 2023

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Biocatalytic nucleoside (trans‐)glycosylations catalyzed by nucleoside phosphorylases have evolved into a practical and convenient approach to the preparation of modified nucleosides, which are important pharmaceuticals for the treatment of various cancers and viral infections. However, the obtained yields in these reactions are generally determined exclusively by the innate thermodynamic properties of the nucleosides involved, hampering the biocatalytic access to many sought‐after target nucleosides. We herein report an additional means for reaction engineering of these systems. We show how apparent equilibrium shifts in phosphorolysis and glycosylation reactions can be effected through entropically driven, biased esterification of nucleosides and ribosyl phosphates with inorganic borate. Our multifaceted analysis further describes the kinetic implications of this in situ reactant esterification for a model phosphorylase.

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Section: Methodsmentioning

confidence: 64%

Biased Borate Esterification during Nucleoside Phosphorylase‐Catalyzed Reactions: Apparent Equilibrium Shifts and Kinetic Implications**

et al. 2023

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“…Drittens zeigte eine Untersuchung der Abstände zwischen den Domänen, die für den Verschluss der Substratbindetasche verantwortlich sind, eine deutlich geringere Beweglichkeit im Enzym‐ 1 a* ‐Komplex verglichen mit dem Enzym‐ 1 a ‐Komplex (Abbildung 2F–H und S19). Während Gt PyNP mit gebundenem 1 a oszillatorische Öffnungs‐ und Schließbewegungen auf einer Zeitskala von etwa 11 ns zeigte (ähnliche Dynamiken sind für die eng verwandten Thymidinphosphorylasen bekannt), [64–70] stoppte die Bindung von 1 a* diesen Prozess weitgehend. Unsere Simulationen zeigten, dass dieser Effekt wohl auf ein katalytisch essentielles Arginin zurückgeht, das durch Bindung von 1 a* eine reversible, nach innen gewandte Position einnimmt.…”

Section: Methodsunclassified

Einseitige Borat‐Veresterung während enzymatischer Nukleosid‐phosphorolyse: Scheinbare Gleichgewichtsverschiebungen und kinetische Auswirkungen**

et al. 2023

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Biokatalytische Nukleosid(trans‐)glykosylierungen mithilfe von Nukleosidphosphorylasen haben sich zu einem praktischen und bequemen Ansatz zur Herstellung von modifizierten Nukleosiden entwickelt, die wichtige Pharmazeutika für die Behandlung verschiedener Krebsarten und Virusinfektionen darstellen. Die bei diesen Reaktionen erzielten Ausbeuten werden jedoch im Allgemeinen ausschließlich durch die inhärenten thermodynamischen Eigenschaften der beteiligten Nukleoside bestimmt, was den biokatalytischen Zugang zu vielen begehrten Nukleosidanaloga erschwert. Wir beschreiben hier einen Ansatz zur Manipulation der Ausbeuten in solchen Reaktionssystemen. Wir zeigen wie eine entropisch getriebene, einseitige Veresterung von Nukleosiden gegenüber Ribosylphosphaten mit anorganischem Borat zu scheinbaren Gleichgewichtsverschiebungen in Phosphorolyse‐ und Glykosylierungsreaktionen führt. Darüber hinaus beschreiben wir die kinetischen Implikationen einer solchen in situ‐Veresterung der Reaktanten für eine Modell‐Phosphorylase.

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Biased Borate Esterification during Nucleoside Phosphorylase‐Catalyzed Reactions: Apparent Equilibrium Shifts and Kinetic Implications**

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Einseitige Borat‐Veresterung während enzymatischer Nukleosid‐phosphorolyse: Scheinbare Gleichgewichtsverschiebungen und kinetische Auswirkungen**

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