Introdução: A autópsia convencional é o principal método de investigação da causa de morte na área médico-científica. No entanto, a autópsia virtual tem-se mostrado uma alternativa promissora no esclarecimento do óbito. Objetivos: Comparar os achados anatomopatológicos, o tempo de execução e a equipe de profissionais envolvida na execução da autópsia virtual e da convencional de dois pacientes que foram a óbito em um hospital universitário. Métodos: Em ambos os procedimentos, procurou-se diagnosticar a causa de morte, as doenças de base e os processos patológicos contributivos ao óbito dos dois pacientes. Para isso, primeiramente os pacientes foram submetidos à autópsia virtual realizada por um técnico em radiologia e um médico radiologista. Em seguida foi realizada a autópsia convencional por um médico patologista e dois técnicos em necropsia. Resultados: A autópsia convencional identificou maior número de alterações patológicas na maioria dos órgãos analisados. A autópsia virtual, porém, apresentou menor tempo de execução, menor número de profissionais envolvidos e maior rapidez na conclusão do laudo. Conclusão: Embora haja uma queda no número de autópsias convencionais, esse ainda é o método mais adequado às atuais condições da instituição na qual foi realizado este estudo. A implantação adequada da autópsia virtual com a realização conjunta de análise histológica por meio de biópsias e de angiotomografia mostra ser uma alternativa rápida e satisfatória na investigação médico-científica de processos patológicos de pacientes que falecem em hospitais universitários.