Cooperative Assembly of RNA Polymerase II Transcription Complexes

Ellwood, Katharine; Chi, Tianhuai; Huang, Wenliang; Mitsouras, Katherine; Carey, Michael

doi:10.1101/sqb.1998.63.253

Cited by 11 publications

(8 citation statements)

References 36 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…Examples include the binding of several sequence-specific transcription factors (steroid receptors, Hox proteins, and p53), recombination by RAG-1 and -2 of the VDJ junctions, and integration by human immunodeficiency virus type 1 integrase (3,12,29,32,38,39,41,51,60,62). HMG-1 and -2 contain two HMG DNA binding motifs, termed box A and box B.…”

mentioning

confidence: 99%

Mechanism for Specificity by HMG-1 in Enhanceosome Assembly

Ellwood

Yen

Johnson

et al. 2000

Molecular and Cellular Biology

View full text Add to dashboard Cite

Assembly of enhanceosomes requires architectural proteins to facilitate the DNA conformational changes accompanying cooperative binding of activators to a regulatory sequence. The architectural protein HMG-1 has been proposed to bind DNA in a sequence-independent manner, yet, paradoxically, it facilitates specific DNA binding reactions in vitro. To investigate the mechanism of specificity we explored the effect of HMG-1 on binding of the Epstein-Barr virus activator ZEBRA to a natural responsive promoter in vitro. DNase I footprinting, mutagenesis, and electrophoretic mobility shift assay reveal that HMG-1 binds cooperatively with ZEBRA to a specific DNA sequence between two adjacent ZEBRA recognition sites. This binding requires a strict alignment between two adjacent ZEBRA sites and both HMG boxes of HMG-1. Our study provides the first demonstration of sequence-dependent binding by a nonspecific HMG-box protein. We hypothesize how a ubiquitous, nonspecific architectural protein can function in a specific context through the use of rudimentary sequence recognition coupled with cooperativity. The observation that an abundant architectural protein can bind DNA cooperatively and specifically has implications towards understanding HMG-1's role in mediating DNA transactions in a variety of enzymological systems.An emerging theme in eukaryotic gene expression is that promoter-and cell-specific transcription is achieved through regulated assembly of activators into nucleoprotein structures termed enhanceosomes (6,22,37). Enhanceosome assembly is mediated by cooperative protein-protein interactions dictated by the positioning of activator binding sites on a regulatory sequence and the concentration of relevant activators in a cell (6,43). Because interactions between activators generate energetically unfavorable DNA bends, architectural proteins that bend and twist the DNA are necessary to facilitate cooperative binding. An important issue in the field is how such flexure can be provided on a global level for the thousands of combinatorial activator arrays bound to genes in a eukaryotic nucleus (6,22,32,37,38,42).Both sequence-specific and nonspecific DNA architectural proteins have been identified. The largest family of eukaryotic architectural proteins contains the conserved HMG box, a 75-amino-acid sequence of known structure. Numerous examples exist of HMG-box proteins that bind DNA either specifically (e.g., LEF-1) or nonspecifically (e.g., HMG-1 and -2) (4). The function and mechanism of some sequence-specific architectural proteins have been established, while the nonspecific proteins have remained enigmatic. In this paper we examine how the abundant and relatively nonspecific HMG-1 and -2 proteins can function in a specific context.To provide a framework for the problem, consider the action of LEF-1 on the T-cell receptor alpha (TCR-␣) enhanceosome. LEF-1 or TCF-1 binds to an 8-bp sequence within the 75-bp TCR-␣ enhancer, bends the DNA, and stimulates cooperative binding of the flanking activators, PEBP2␣-Ets-1...

show abstract

mentioning

confidence: 99%

Mechanism for Specificity by HMG-1 in Enhanceosome Assembly

Ellwood

Yen

Johnson

et al. 2000

Molecular and Cellular Biology

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…Χαρακτηριστικό παράδειγµα είναι η δηµιουργία του προ-εναρκτηρίου συµπλόκου κατά το σχηµατισµό του οποίου δηµιουργείται ένας µεγάλος αριθµός πρωτεϊνικών αλληλεπιδράσεων µε αποτέλεσµα η ισχύς της µεταγραφής να αυξάνεται κατά πολύ (Ellwood et al, 1998). Η εκθετική αυτή αύξηση των επιπέδων της µεταγραφής µπορεί να παρασταθεί γραφικά από µια «σιγµοειδή» καµπύλη (Carey, 1998).…”

Section: μεταγραφική συνέργεια (Transcriptional Synergy)unclassified

Δομή Της Χρωματίνης Και Γονιδιακή Έκφραση

Ntziachristos¹,

Ντζιαχρήστος²

View full text Add to dashboard Cite

HMGI/Y plays an important role in the transcriptional control of many genes, although is not a transcription factor. It binds to the minor groove of DNA and helps the synergistic binding of the transcription factors. This can lead to the formation of a very stable complex, termed enhanceosome and results to very high levels of transcription. The last years the role of HMGI/Y in gene expression and tumorigenesis is being elucidated. Although the role of intergenic and intronic regions is very important in transcription regulation no laboratory has ever examined the binding sites of HMGI/Y in these regions. We overexpressed the HMGI/Y protein (myc tagged) in MCF-7 human adenocarcinoma breast cell line. The HMGI/Y overexpression transforms these cells to metastatic. We immunoprecipitate the DNA binding sites of the protein and after digestion with a restriction enzyme (4-cutter) the fragments are ligated to pKSII plasmid with compatible ends. After sequencing and blasting we are able to determine the exact position of these fragments in the human genome. Although the number of the unique sites is relatively small (234) we can see, for the first time, some important details. 84% of the sites are correlated with genes implicated in tumorigenesis and 15% especially with breast tumorigenesis. 44% is in intronic regions and the rest in intergenic regions. This finding underlines the role of the introns in the transcriptional regulation. Chromosome 5 that contains

show abstract

“…Το αποτέλεσμα στα επίπεδα της μεταγραφής δεν είναι γραμμικό, αλλά εκθετικά ανάλογο του αριθμού των μεταγραφικών παραγόντων. Χαρακτηριστικό παράδειγμα είναι η δημιουργία του προ-εναρκτηρίου συμπλόκου, κατά το σχηματισμό του οποίου δημιουργείται ένας μεγάλος αριθμός πρωτεϊνικών αλληλεπιδράσεων, με αποτέλεσμα η ισχύς της μεταγραφής να αυξάνεται εκθετικά (Ellwood et al, 1998).…”

Section: μεταγραφικη συνεργειαunclassified

Ο ρόλος της ιστόνης macroH2A στη ρύθμιση των γονιδίων που επάγονται μετά από ιϊκή μόλυνση

Βατσέλλας¹

View full text Add to dashboard Cite

Η κατάκτηση ενός στόχου όπως η ολοκλήρωση μιας ερευνητικής διδακτορικής διατριβής είναι μια δύσκολη και εξουθενωτική υπόθεση. Η πορεία είναι γεμάτη στροφές και εμπόδια, εναλλασσόμενα όμως με όμορφα τοπία και εκθαμβωτική θέα. Όπως και να έχει όμως είναι αρκετά μεγάλη και απαιτητική, με συνέπεια η ολοκλήρωση της να απαιτεί την καθοδήγηση και την συμπαράσταση των κοντινών σου ανθρώπων. Αυτών που είχες ήδη, αλλά και αυτών που απέκτησες κατά την πορεία αυτή. Σε όλους αυτούς λοιπόν που βρέθηκαν πλάι μου αυτά τα 7 χρόνια και κυρίως σε αυτούς που δε θα αναφερθώ προσωπικά παρακάτω, ένα μεγάλο ΕΥΧΑΡΙΣΤΩ και ελπίζω να φάνηκα αντάξιος της στήριξης και της συμπαράστασης τους. Ιδιαίτερη μνεία οφείλω να κάνω στον κόσμο του εργαστηρίου. Τον Δρ. Θάνο, που μου παρείχε το χώρο και τα εφόδια, υλικά και πνευματικά, για να πραγματοποιήσω αυτό το διδακτορικό. Τα παιδιά με υποδέχτηκαν ως ψαρά στο εργαστήριο, από την εποχή του Αλ. Φλεμινγκ. Το Γιώργο Κουτρούμπα, τον Άγγελο Μπανό, τον Αλέξανδρο ¨Bro -κουμπάρο¨ Πολύζο, την Ευτυχία ¨Αρσενάκη¨ Αποστόλου, τον Πάνο ¨ΝΤΖ¨ Ντζιαχρήστο, τον Ηλία ¨γρήγορο¨ Νόλη, την Αθηνά Αντωνάκη, το Μάριο Αγγελόπουλο και τη Ντέπυ Παπαδοπούλου. Στην πορεία κάποιοι ήρθαν και κάποιοι έφυγαν, αλλά όλοι προσέθεσαν το λιθαράκι τους στο εργαστήριο-τρελοκομείο. Ο Γιώργος Σιανίδης, Ο Ethan ¨Oh no¨ Ford, το γαλλάκι ο Mathieu Lavigne, η Εύα Μαντούβαλου, ο Γιάννης Μαραζιώτης, ο Στέφανος Τσιφτσσσόγλλλου, η Χρύσα Νικοπούλου, η Μαρία Παπαθανασίου και φυσικά ο Αντωνάκης ¨Λουκάς Βύντρα -Σίλβα Κλέιτον¨ Κόκκαλης και ο Θοδωρής ¨GM¨ Γεωργομανώλης. Περαιτέρω, οφείλω να ευχαριστήσω το Δρ. Μόσιαλο, τη Δρ. Χατζοπούλου-Κλαδαρά και τα υπόλοιπα μέλη της επταμελούς εξεταστικής επιτροπής, τους καθηγητές Δρ. Γιάγκου, Δρ. Σκούρα, Δρ. Αρσενάκη και Δρ. Λάζου. Σε όσους όμως και να αναφερθώ, όσα και να πω είναι λίγα σε αυτά που χρωστάω στους αφανείς ήρωες όλης αυτής της ιστορίας, τους γονείς μου. Σε αυτούς και τη Μαριλένα είναι αφιερωμένη η διδακτορική αυτή διατριβή για τα 7 αυτά χρόνια κατανόησης και στήριξης και τα υπόλοιπα 23 ανατροφής και παίδευσης. Ελπίζω να είναι υπερήφανοι…

show abstract

Cooperative Assembly of RNA Polymerase II Transcription Complexes

Cited by 11 publications

References 36 publications

Mechanism for Specificity by HMG-1 in Enhanceosome Assembly

Mechanism for Specificity by HMG-1 in Enhanceosome Assembly

Δομή Της Χρωματίνης Και Γονιδιακή Έκφραση

Ο ρόλος της ιστόνης macroH2A στη ρύθμιση των γονιδίων που επάγονται μετά από ιϊκή μόλυνση

Contact Info

Product

Resources

About