Os transplantes de medula óssea, são uma modalidade terapêutica que permite a utilização de altas doses de quimioterápicos, devido a possibilidade da infusão de células tronco hematopoiéticas, para reverter a toxicidade causada pelas drogas utilizadas na quimioterapia. O objetivo do presente estudo é a analisar e comparar o perfil epidemiológico dos procedimentos cirúrgicos de transplante autogênico de células tronco hematopoiéticas de medula óssea com o transplante alogênico aparentado e não aparentado. Trata-se de um estudo observacional, descritivo e transversal dos dados disponíveis no DATASUS de dezembro de 2014 a dezembro de 2019, avaliando o número de internações e taxa de mortalidade do transplante autogênico de células-tronco hematopoiéticas de medula óssea, do transplante alogênico de células-tronco hematopoiéticas de medula óssea aparentado e do transplante alogênico de células-tronco hematopoiéticas de medula óssea não aparentado. No Brasil, no período analisado ocorreram 1019 internações para o procedimento de transplante autogênico de células-tronco hematopoiéticas de medula óssea, 1683 internações para o transplante alogênico de células-tronco hematopoiéticas aparentado e 833 internações para o transplante alogênico de células-tronco hematopoiéticas não aparentado. Tal coleta contribuiu para abordar os pontos positivos e negativos das duas modalidades de transplante de medula-óssea. Sendo observado que o procedimento feito com células do próprio paciente, apresenta menos riscos do que o feito com células de outro doador, entretanto, por ter muitos requisitos para o procedimento, o transplante autólogo é mais realizado no Brasil do que o autogênico.