Construction of a prognostic value model in papillary renal cell carcinoma by immune-related genes

Wang, Leilei; Gu, Weile; Ni, Huijun

doi:10.1097/md.0000000000024903

Cited by 5 publications

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“…IL13RA2 was overexpressed in AI CRCs. This molecule is an immune-related DEG for papillary renal cell carcinoma with prognostic value 19 . Pathway analysis revealed notable DEGs; the list includes B cell receptor signaling, RAR activation, IL15 signaling, Notch signaling, and EIF2 signaling (Table 1C ).…”

Section: Resultsmentioning

confidence: 99%

Molecular disparities in colorectal cancers of White Americans, Alabama African Americans, and Oklahoma American Indians

Yamada,

Xu,

Jones

et al. 2023

npj Precis. Onc.

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In the US, the majority of cancer samples analyzed are from white people, leading to biases in racial and ethnic treatment outcomes. Colorectal cancer (CRC) incidence and mortality rates are high in Alabama African Americans (AAs) and Oklahoma American Indians (AIs). We hypothesized that differences between racial groups may partially explain these disparities. Thus, we compared transcriptomic profiles of CRCs of Alabama AAs, Oklahoma AIs, and white people from both states. Compared to CRCs of white people, CRCs of AAs showed (a) higher expression of cytokines and vesicle trafficking toward modulated antitumor-immune activity, and (b) lower expression of the ID1/BMP/SMAD axis, IL22RA1, APOBEC3, and Mucins; and AIs had (c) higher expression of PTGS2/COX2 (an NSAID target/pro-oncogenic inflammation) and splicing regulators, and (d) lower tumor suppressor activities (e.g., TOB2, PCGF2, BAP1). Therefore, targeting strategies designed for white CRC patients may be less effective for AAs/AIs. These findings illustrate needs to develop optimized interventions to overcome racial CRC disparities.

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Section: Resultsmentioning

confidence: 99%

Molecular disparities in colorectal cancers of White Americans, Alabama African Americans, and Oklahoma American Indians

Yamada,

Xu,

Jones

et al. 2023

npj Precis. Onc.

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“…In addition, CCL19 also participates in the oncogenesis and progression of renal cancer. CCL19 is a critical component of an immune-related prognostic classifier for the prognostic evaluation of patients with papillary renal cell carcinoma ( Wang et al, 2021 ). In addition, the CCL19/CCR7 axis could be a promising target for tumor gene therapy in type 2 papillary renal cell carcinoma according to Liu et al ’s report ( Liu et al, 2020 ).…”

Section: Discussionmentioning

confidence: 99%

Identification of CCL19 as a Novel Immune-Related Biomarker in Diabetic Nephropathy

et al. 2022

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Diabetic nephropathy (DN) is one of the major microvascular complications in diabetic patients and the leading cause of end-stage renal disease (ESRD). Previous studies found that immune-related genes and immune cell infiltration play important roles in the pathogenesis and development of DN. Therefore, this study aimed to explore immune-related biomarkers in DN. In this research, three microarray datasets that included 18 DN and 28 healthy tubule samples were downloaded and integrated as the training set to identify differentially expressed immune-related genes (DEIGs). A total of 63 DEIGs were identified, and most upregulated DEIGs were primarily involved in the inflammatory response and chemokine-mediated signaling pathways. The Microenvironment Cell Populations-counter (MCP-counter) algorithm was then used to estimate the abundance of infiltrated immune and stromal cell populations. According to DEIG, weighted gene coexpression network and protein–protein network analyses, CCL19 was identified as the hub immune-related biomarker. Moreover, the upregulated level of CCL19 was confirmed in other independent datasets as well as in in vitro experiments with high glucose. In summary, this study provides novel insights into the pathogenesis of diabetic nephropathy and identifies CCL19 as a potential critical gene of DN.

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“…304,305 No nível renal, sua expressão em carcinoma papilar de células renais associou-se a pior prognóstico. 306 Não há descrição sobre seu papel potencial no nível glomerular.…”

Section: Discussionunclassified

Glomerulopatia colapsante idiopática: bases moleculares e correlações entre parâmetros moleculares, proteômicos, clínicos e histológicos

Neves

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Dedico essa tese primeiramente a Deus, por me permitir alcançar sonhos que nunca pensei que fossem possíveis. Por zelar por mim e por todos que amo.Aos meus pais Anibal e Eliete, pela vida, amor incondicional, carinho e exemplo.Aos meus avós-pais Cecília e Jair Miranda (in memorian), pelos valores a mim ensinados e por moldarem a pessoa que hoje eu sou. O amor que tenho por vocês é infinito e infindável! Aos meus irmãos Karine, Isabela, Pedro, Gustavo e Ricardo por me fazerem entender o real sentido de fraternidade, pelo acolhimento, torcida e pelas bagunças.À minha esposa, Ramaiane Bridi, meu alicerce, maior incentivadora e grande amor da minha vida. Nada disso seria possível sem você ao meu lado. Amo muito você, minha polaca! Ao queridos Robson e Marilda, pelo acolhimento e receptividade.À minha família (avós, tios, primos, sobrinhos, afilhados, sogros e cunhados) por compreenderem a ausência frequente e por continuarem me apoiando e torcendo por mim em todas as etapas.Aos meus "filhos" Nino (in memorian) e Tufa, por me ensinarem que o amor, para ser sentido, não precisa ser traduzido em palavras. AgradecimentosAgradeço primeiramente aos pacientes que, de forma voluntária, aceitaram participar do estudo e sempre me incentivaram. Conheci muitas pessoas e histórias inspiradoras. Ao Prof. Dr. Luiz Fernando Onuchic, por ver em mim um potencial que eu não enxergava, por todas as oportunidades tanto na vida acadêmica quanto profissional, pelas longas conversas sobre a vida e por ser exemplo de caráter, retidão e rigor científico. Quisera o mundo fosse repleto de pessoas como o senhor. À Dra. Andréia Watanabe, querida amiga que esteve do meu lado desde a concepção do projeto, pela parceria e cumplicidade, ajuda inestimável e por todas as piadinhas que tornavam as exaustivas horas de experimento mais leves. Hi Bex!!! Ao Dr. Elieser Watanabe, amigo por quem tenho muito apreço, pela disponibilidade, insights científicos, auxílio em todas as fases do projeto, pelo exemplo de caráter e de médico. Ao Dr. Valkercyo Feitosa, médico brilhante e pessoa muito especial, por toda a ajuda, incentivo e parceria. Trabalhar com você foi uma honra e aprendizado imensuráveis. Aos amigos Drs. Jukelson e Lucas, pela amizade, apoio, discussões e por auxiliarem tão bem na condução da operação clínica do grupo de Nefropatias Hereditárias do HC-FMUSP Aos amigos do LIM29: Leandro, Fernanda, Vívian, Lívia Gilson, Jéssica, Eliene e Andressa, pelo companheirismo, carinho, ajuda, almoços no Burdog e pelo apoio irrestrito. Agradeço em especial à Talita por todo o carinho, cuidado e paciência nas análises proteômicas. Vocês com certeza fizeram com que tudo fosse mais fácil e sem vocês nada disse teria sido possível.

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Construction of a prognostic value model in papillary renal cell carcinoma by immune-related genes

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Molecular disparities in colorectal cancers of White Americans, Alabama African Americans, and Oklahoma American Indians

Molecular disparities in colorectal cancers of White Americans, Alabama African Americans, and Oklahoma American Indians

Identification of CCL19 as a Novel Immune-Related Biomarker in Diabetic Nephropathy

Glomerulopatia colapsante idiopática: bases moleculares e correlações entre parâmetros moleculares, proteômicos, clínicos e histológicos

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