Computer modelling of DNA structures involved in chromosome maintenance

Eckdahl, Todd T.; Anderson, J.C.

doi:10.1093/nar/15.20.8531

Cited by 65 publications

(72 citation statements)

References 47 publications

(65 reference statements)

Supporting

Mentioning

Contrasting

Order By: Relevance

“…19,23) In silico DNA curvature analysis. The DNA sequence of the region containing the C3-22 gene (U69899) and the flanking regions of the DNA puff C3 of R. americana (pHN3.5, pRR5.5, and pRa400 clones) were analyzed using the algorithm for secondary structures designed by Eckdahl and Anderson,30) implemented in the Map15a and 3D15m1 software.…”

Section: Methodsmentioning

confidence: 99%

Intrinsic Bent DNA Sites in the Developmentally AmplifiedC3-22Gene Promoter ofRhynchosciara americana(Diptera: Sciaridae)

Gouveia

Gimenes

Fiorini

et al. 2008

Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry

View full text Add to dashboard Cite

Section: Methodsmentioning

confidence: 99%

Intrinsic Bent DNA Sites in the Developmentally AmplifiedC3-22Gene Promoter ofRhynchosciara americana(Diptera: Sciaridae)

Gouveia

Gimenes

Fiorini

et al. 2008

Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry

View full text Add to dashboard Cite

“…Lastly, the curvature of the DNA molecule can be simply characterized by the ratio of the curvilinear distance (contour length) to the linear distance between the ends of the segment (SD value) (Eckdahl, Anderson, 1987;Tan, Harvey, 1987) and vice versa (Qc, (Dlakic, Harrington, 1998;Kanhere, Bansal, 2003;Matyašek et al, 2013)). Large values of C, d-max and SD indicate a more curved DNA fragment.…”

Section: Features Of Dna Molecule Estimation From Helical Patch Curvamentioning

confidence: 99%

Quaternion modeling of the helical path for analysis of the shape of the DNA molecule

Muterko¹

2017

Vestn. VOGiS

View full text Add to dashboard Cite

Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук, Новосибирск, Россия Пространственная организация, форма молекулы ДНК являются ключевой характеристикой, определяющей ее функциональную специфичность и природу межмолеку лярных взаимодействий. Специфическая форма, которую молекула ДНК принимает при определенных условиях, обусловлена ее микромеханическими и структурными особенностями, зависящими от последовательности нук леотидов. Следовательно, отдельные характеристики фор мы ДНК могут быть прогнозированы. Предложен ряд моде лей для описания внутренней кривизны ДНК, включа ющий набор геометрических параметров двойной спирали, при меняемых при компьютерной реконструкции простран ственных структур. С другой стороны, необходимые пара метры пар оснований можно рассчитать исходя из обще доступной информации атомной структуры ДНК. Принимая пары оснований как твердые тела, их относительное рас по ложение в пространстве можно оценить по полученным параметрам. Матрицы являются наиболее распространен ным способом реализации преобразований твердого тела и широко используются в моделировании формы ДНК. Бо лее простая и надежная альтернатива матрицам -кватер нионы. Единичные кватернионы представляют только по ворот, тогда как двойные кватернионы объединяют в себе и поворот, и смещение. В настоящем руководстве алгебра единичных и двойных кватернионов впервые применена для моделирования траектории молекулы ДНК исходя из конформационных параметров динуклеотидных шагов. Хотя использование двойных кватернионов опти мально для детального моделирования структуры, единич ные кватернионы достаточны для прогнозирования траек тории двойной спирали и последующих расчетов ее простран ственных характеристик. Обсуждаются широко использу емые, а также оригинальные алгоритмы вычисления кри визны, радиуса гирации, персистентной длины и фазиро вания статических изгибов для анализа формы молекулы, вычисления статистики полимерной цепи и прогнозиро вания микромеханических свойств на основе координат траектории ДНКспирали. Приведенные алгоритмы будут полезны как в ходе in silico анализа относительно коротких фрагментов ДНК, так и в топологическом картировании полных геномов.Ключевые слова: кватернионное моделирование; структу ра ДНК; кривизна; радиус гирации; персистентная длина; преобразование Фурье; фазирование; изгибаемость.The threedimensional shape of a DNA molecule is a key pro perty influencing its functional specificity and the nature of its molecular interactions. The characteristic shape into which a DNA molecule folds under certain conditions is a manifesta tion of its micromechanical and structural features, which are sequencedependent. DNA shaperelated properties can there fore be determined in a predictable manner. A number of models have been designed to describe intrinsic DNA curvature, incorporating a set of helical parameters which can be applied to operative threedimensional reconstruction of the DNA structures. Alternatively, desired base pair parameters can be compu...

show abstract

“…The 2D projection of the 3D trajectories was obtained with 3D15m1 software using the algorithm of Eckdahl and Anderson (28). The helical parameters were calculated using Map15a software as described elsewhere (11).…”

Section: In Silico Analysismentioning

confidence: 99%

Replication origins oriGNAI3 and oriB of the mammalian AMPD2 locus nested in a region of straight DNA flanked by intrinsically bent DNA sites

Balani

Neto²,

Takeda³

et al. 2010

BMB Reports

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

Computer modelling of DNA structures involved in chromosome maintenance

Cited by 65 publications

References 47 publications

Intrinsic Bent DNA Sites in the Developmentally AmplifiedC3-22Gene Promoter ofRhynchosciara americana(Diptera: Sciaridae)

Intrinsic Bent DNA Sites in the Developmentally AmplifiedC3-22Gene Promoter ofRhynchosciara americana(Diptera: Sciaridae)

Quaternion modeling of the helical path for analysis of the shape of the DNA molecule

Replication origins oriGNAI3 and oriB of the mammalian AMPD2 locus nested in a region of straight DNA flanked by intrinsically bent DNA sites

Contact Info

Product

Resources

About