Mert Irmağı'nın su kalitesini belirlemek için, algal indikatörler ve fitoplankton temelli biyolojik indeksler kullanılmıştır. Bacillariophyta üyeleri % 83.3’lük bolluk oranı ve 71 takson ile fitoplanktonun baskın divizyosu olmuştur. Lindavia glomerata, Navicula cryptocephala, Cyclotella planctonica ve Navicula veneta Mert Irmağı’ndaki fitoplanktonik taksonlar arasında en baskın türler olarak belirlenm iştir. Mert Irmağı'nın trofik durumunu belirlemek için planktonik diyatome temelli Trofik diatom indeksi (TDI) ve Genel diatom indeksi (IDG) kullanıldı. Mert Irmağı'nın organik yük temelli sabrobite seviyesini değerlendirmek için ise Kirlilik tolerans indeksi (PTI), Diatom topluluk indeksi (DAIPo) ve Palmer indeksi dahil edildi. Ortalama TDI ve IDG sonuçlarına göre (sırasıyla 55 ve 13), Mert Irmağı trofik durumu, orta düzey besin ve iyi su şeffaflığına sahip mezotrofik bir yapıdır. Ortalama PTI sonucuna göre (2.7), Mert Irmağı orta düzey kirliliğe karşılık gelen β-mezosaprobik sınıftadır. DAIpo indeksi dikkate alındığında, Mert Irmağı’nın saprofikliği α-oligosaprobik düzeyde olup ırmakta organik kaynaklı ciddi bir kirlilik söz konusu değildir. Fakat, Palmer indeksine göre Mert Irmağı’nın 6. istasyon haricinde tüm istasyonları yüksek organik kirlilik tehdidi altındadır. Bu çalışmada, ırmağın istasyon bazlı trofik yapısını en iyi yansıtan biyolojik indeksin IDG, istasyon bazlı organik kirliliği en iyi yansıtan biyolojik indeksin ise PTI olduğu görülmüştür.