Comparative analysis of the efficiency of intron-length polymorphism of β-tubulin genes and microsatellite loci for flax varieties genotyping

Rabokon, A. N.; Pirko, Ya. V.; Demkovych, Andrii; Blume, Ya. B.

doi:10.3103/s0095452718010115

Cited by 17 publications

(10 citation statements)

References 20 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…На сьогодні вже розроблені та впроваджені ILP-маркерні системи, які базуються на оцінці поліморфізму довжин інтронів генів (Thomas et al, 2007;Li et al, 2009), зокрема генів, що кодують ферменти електронно-транспортного ланцюга (Ferreira et al, 2009), а також ключових генів білків цитоскелету клітини -актину (Postovoitova et al, 2017;Postovoitova et al, 2018) та β-тубуліну (TBP, Tubulin-based polymorphism) ( Bardini et al, 2004;Rabokon et al, 2018).…”

Section: анотовані послідовності генів α-тубулінуunclassified

Study of intron length polymorphism of the α-tubulin genes as a method of analysis the genetic differentiation in plants

Pirko¹,

Postovoitovа²,

Rabokon³

et al. 2019

Ukr. Bot. J.

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

Section: анотовані послідовності генів α-тубулінуunclassified

Study of intron length polymorphism of the α-tubulin genes as a method of analysis the genetic differentiation in plants

Pirko¹,

Postovoitovа²,

Rabokon³

et al. 2019

Ukr. Bot. J.

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…На сьогодні вже розроблені та впроваджені ILP-маркерні системи, які базуються на оцінці поліморфізму довжин інтронів генів (Thomas et al, 2007;Li et al, 2009), зокрема генів, що кодують ферменти електронно-транспортного ланцюга (Ferreira et al, 2009), а також ключових генів білків цитоскелету клітини -актину (Postovoitova et al, 2017; та β-тубуліну (TBP, Tubulin-based polymorphism) ( Bardini et al, 2004;Rabokon et al, 2018).…”

Section: анотовані послідовності генів α-тубулінуunclassified

Untitled

2019

Ukr. Bot. J.

View full text Add to dashboard Cite

The genera Anemonastrum and Knowltonia earlier usually included in Anemone sensu lato (Ranunculaceae: Anemoneae) were recently proposed to be recognized in expanded circumscriptions, based on molecular phylogenetic findings and partly also morphological and biogeographical evidence. Both these genera contain some representatives that are noteworthy from morphological and biogeographical viewpoints, and the general ranges of these genera (combining the ranges of their included species) demonstrate remarkable continent-scale disjunctions. In particular, Knowltonia in its new circumscription (corresponding to Anemone sect. Pulsatilloides sensu Hoot et al., 2012) contains southern African and some American taxa (mostly South American ones, including Oreithales, Barneoudia, etc.), and K. crassifolia from Tasmania. Anemonastrum (corresponding to Anemone subg. Anemonidium sensu Hoot et al., excluding Hepatica) is mainly Eurasian, but it also includes several North American species, as well as A. antucense from southern South America and A. tenuicaule from New Zealand. Species of the newly outlined Anemonastrum and Knowltonia were placed in various infrageneric taxa of Anemone sensu lato. Following the re-circumscription of genera, it is now timely to nomenclaturally update and partly re-circumscribe the relevant infrageneric taxa earlier treated in Anemone sensu lato. Here we propose the following new combinations at the section and subsection ranks: Knowltonia sect.

show abstract

“…ILPмаркери є кодомінантними, високо відтворюваними, нейтральними та стабільними маркерами, що дозволяють швидко отримувати легко інтерпретовані результати у вигляді специфічних ДНК-профілів досліджуваних видів [1,2]. На сьогодні опубліковані дані, які підтверджують високу ефективність таких ДНК-маркерних систем у порівнянні з широко розповсюдженими SSR-маркерами [3][4][5][6].…”

unclassified

“…метод оцінки поліморфізму довжини інтронів генів β-тубуліну рослин (Tubulin-Вased Рolymorphism, TBP) [7]. ТВР-маркери апробовано на різних видах рослин, серед яких представники родів Rosa L., Brassica L., Lotus L., Eleusine Gaertn., Coffea L. [8], пшениця, ячмінь [9], льон [5] тощо. Окрім цього, опубліковані дані щодо створення та впровадження нових ILP-маркерів, які дозволяють оцінити поліморфізм довжини інтронів генів інших видів тубуліну -α-та γ-тубуліни [10,11].…”

unclassified

Ist and IIIrd intron length polymorphism of actin genes as a tool for flax DNA-profiling

Postovoitovа¹,

Pirko²,

Blume³

2019

Fakt. eksp. evol. org.

Self Cite

View full text Add to dashboard Cite

Aim. The purpose of the work was to evaluate the possibility of using the polymorphism of the Ist and IIIrd introns of actin genes for DNA plant genotyping using flax varieties as model. Methods. 16 varieties of Ukrainian flax were analyzed. PCR was conducted using self-developed species-specific primers for the Ist and IIIrd introns of flax actin genes. DNA fragments were separated by electrophoresis in a 6% polyacrylamide gel and visualized by silver stains. Results. As a result of the evaluation of the Ist and IIIrd intron length polymorphism of actin genes, the species-specific DNA profiles of 16 flax varieties containing the target amplicons were obtained. The 7 allele phenotypes (PIC = 0.62) were detected for the Ist introns of the actin genes, and 3 allelic phenotypes (PIC = 0.32) for the IIIrd intron of actin genes. The highest level of polymorphism in the flax varieties was detected by evaluating the Ist intron length polymorphism of actin genes. Conclusions. Evaluation of the polymorphism of the Ist and IIIrd introns of actin genes allows genotyping and obtaining DNA profiles of flax varieties, which demonstrates the feasibility of further using both approaches for molecular genetic analysis of plants. Keywords: gene introns, length polymorphism, actin genes, flax (Linum usitatissimum L.).

show abstract

Comparative analysis of the efficiency of intron-length polymorphism of β-tubulin genes and microsatellite loci for flax varieties genotyping

Cited by 17 publications

References 20 publications

Study of intron length polymorphism of the α-tubulin genes as a method of analysis the genetic differentiation in plants

Study of intron length polymorphism of the α-tubulin genes as a method of analysis the genetic differentiation in plants

Untitled

Ist and IIIrd intron length polymorphism of actin genes as a tool for flax DNA-profiling

Contact Info

Product

Resources

About