Clinical and Epidemiological Correlates of Genotypes within the Mycobacterium avium Complex Defined by Restriction and Sequence Analysis of hsp65

Abstract

Species identification of isolates of the Mycobacterium avium complex (MAC) remains a difficult task. Although M. avium and Mycobacterium intracellulare can be identified with expensive, commercially available probes, many MAC isolates remain unresolved, including those representing Mycobacterium lentiflavum as well as other potentially undefined species. PCR restriction analysis (PRA) of the hsp65 gene has been proposed as a rapid and inexpensive approach. We applied PRA to 278 MAC isolates, including 126 from blood of human immunodeficiency virus (HIV)-infected patients, 59 from sputum of HIV-negative patients with chronic obstructive pulmonary disease, 88 from environmental sources, and 5 pulmonary isolates from a different study. A total of 15 different PRA patterns were observed. For 27 representative isolates, a 441-bp fragment of the hsp65 gene was sequenced; based on 54 polymorphic sites, 18 different alleles were defined, including 12 alleles not previously reported. Species and phylogenetic relationships were more accurately defined by sequencing than by PRA or commercial probe. The distribution of PRA types and, by implication, phylogenetic lineages among blood isolates was significantly different from that for pulmonary and environmental isolates, suggesting that particular lineages have appreciably greater virulence and invasive potential.

Myocbacterium-Avium Intracellulare Associated Inflammatory Pseudotumor of the Anterior Nasal Cavity

“…Colonies are usually light tan in color, although some MAC strains produce a yellow pigment that increases with light exposure. MAC isolates can be identified as M.avium or M. intracellulare by DNA probes or polymerase chain reaction analysis [18]. They are widespread in the environment and they have been isolated from water, soil, food, house dust and several animals.…”

Distribución de patrones PRA en aislamientos clínicos del complejo Mycobacterium avium procedentes de España y Suramérica.

“…Se han descrito varios patrones PRA dentro del complejo M. avium: 4 variantes para M. avium (9,10) y 6 para M. intracellulare (5,11). La variante I de M. avium se ha encontrado con mayor frecuencia asociada con infección diseminada en pacientes con sida mientras que las variantes II y III han sido descritas con mayor frecuencia en muestras ambientales (11).…”

“…La variante I de M. avium se ha encontrado con mayor frecuencia asociada con infección diseminada en pacientes con sida mientras que las variantes II y III han sido descritas con mayor frecuencia en muestras ambientales (11). Estos hallazgos sugieren que las variantes PRA de M. avium pueden diferir en cuanto a su virulencia y transmisibilidad (12).…”

“…El algoritmo para la identificación mediante PRA supone actualmente un problema, dado que la nomenclatura de los patrones es confusa o contradictoria entre las distintas fuentes de información accesibles a los usuarios. Por ejemplo, PRASITE, la única base de datos de acceso libre, invierte el orden descrito originalmente en la literatura entre patrones PRA de M. avium, tipo I y II (7,9,11). Estas confusiones pueden inducir a errores en la evaluación de la frecuencia de los diferentes tipos PRA y resaltan la necesidad de una revisión y actualización frecuente de las bases de datos (14).…”

“…Estos aislamientos podrían identificarse como complejo M. avium "other" según la descripción de Smole y colaboradores (11). Su aparición determina los límites de confianza del método de PRA que, así como permite detectar errores de identificación por métodos bioquímicos, como hemos encontrado en el caso de M. lentiflavum, también puede conducir a un diagnóstico erróneo si se utiliza como único método de identificación.…”