Breast cancer is a major malignancy among Indonesian women. It is often diagnosed in the later stages of cancer, which leads to poor prognosis and survival of the patients. This study investigated plasma DNA concentration as a potential biomarker for breast cancer. The benefit of using this detection is the cost-effectiveness and the samples can be collected from patients using non-invasive methods. Plasma samples were obtained from healthy controls (n=18) and cancer patients (n=22). Each sample was split into two equal portions for DNA isolation using two different methods for the NaI method and a commercially available kit (Qiagen/ QA) method. The DNA concentration was determined by using a GeneQuant spectrophotometer (Pharmacia). The t-test was used for statistical analysis, which was performed using the SPSS 17.0 software. Compared to the commercial method, extraction using NaI yielded higher DNA concentration, both from samples of healthy controls and cancer patients (p=0,008 and p=0.000, respectively). Furthermore, regardless of the isolation method used, the plasma DNA concentration was higher in healthy controls than in cancer cases (p=0,032 and p=0.005, for NaI and QA methods, respectively). In conclusion, isolation methods significantly affect DNA concentrations. The plasma DNA concentration of healthy controls is significantly higher than those of the cancer cases, suggesting that plasma DNA concentration might be a potential biomarker for breast cancer detection with less invasive sampling method than tissue biopsies.
ABSTRAKKanker payudara adalah keganasan utama pada wanita di Indonesia. Penyakit ini seringkali terdiagnosis pada stadium lanjut sehingga mengakibatkan rendahnya keberhasilan pengobatan dan ketahanan hidup pasien yang buruk. Studi ini meneliti potensi DNA plasma sebagai penanda biologis untuk mendeteksi kanker payudara. Penggunaan DNA plasma sebagai penanda biologis dianggap menguntungkan mengingat analisisnya yang ekonomis dan menggunakan pendekatan yang tidak invasif. Sampel plasma darah diperoleh dari individu sehat (n=18) dan pasien kanker payudara (n=22) setelah mendapat persetujuan dengan menandatangani informed-consent. Setiap sampel dipisahkan menjadi 2 bagian dengan volume yang sama untuk diekstrasi menggunakan 2 metode yang berbeda yaitu metode Na-I dan kit ekstraksi komersial (Qiagen/QA). Konsentrasi DNA plasma diukur dengan spektrofotometer (Genequant, Pharmacia). Analisis statistik t-tes digunakan untuk melihat perbedaan kedua metode tesebut. Metode ekstraksi Na-I menujukkan konsentrasi DNA yang lebih tinggi dibandingkan kit komersial, baik pada individu sehat (p=0.008)
201Purnomosari et al., Plasma DNA as a potential biomarker for breast cancer detection maupun pasien kanker payudara (p=0.000). Sejalan dengan hasil di atas, konsentrasi DNA plasma pada individu sehat lebih tinggi daripada penderita kanker payudara menggunakan 2 metode yang berbeda (NaI p=0.032 dan kit komersial p=0.005). Dapat disimpulkan bahwa metode ekstraksi DNA menentukan konsentrasi DNA yang di...