Characterization of Salmonella enterica isolates causing bacteremia in Lima, Peru, using multiple typing methods

Abstract

In this study, different molecular typing tools were applied to characterize 95 Salmonella enterica blood isolates collected between 2008 and 2013 from patients at nine public hospitals in Lima, Peru. Combined results of multiplex PCR serotyping, two- and seven-loci multilocus sequence typing (MLST) schemes, serotyping, IS200 amplification and RAPD fingerprints, showed that these infections were caused by eight different serovars: Enteritidis, Typhimurium, Typhi, Choleraesuis, Dublin, Paratyphi A, Paratyphi B and Infantis. Among these, Enteritidis, Typhimurium and Typhi were the most prevalent, representing 45, 36 and 11% of the isolates, respectively. Most isolates (74%) were not resistant to ten primarily used antimicrobial drugs; however, 37% of the strains showed intermediate susceptibility to ciprofloxacin (ISC). Antimicrobial resistance integrons were carried by one Dublin (dfra1 and aadA1) and two Infantis (aadA1) isolates. The two Infantis isolates were multidrug resistant and harbored a large megaplasmid. Amplification of spvC and spvRA regions showed that all Enteritidis (n = 42), Typhimurium (n = 34), Choleraesuis (n = 3) and Dublin (n = 1) isolates carried the Salmonella virulence plasmid (pSV). We conclude that the classic serotyping method can be substituted by the multiplex PCR and, when necessary, sequencing of only one or two loci of the MLST scheme is a valuable tool to confirm the results. The effectiveness and feasibility of different typing tools is discussed.

Multidrogorresistencia de Salmonella infantis en Perú: un estudio mediante secuenciamiento de nueva generación

“…Asimismo, se describe por primera vez que el 74,1% de las Salmonellas Infantis corresponden a un perfil multidrogorresistente, agrupándose en 13 patrones diferentes, con resistencia a más de cinco antimicrobianos y la presencia fenotípica de BLEE. El perfil BLEE fue reportado en una cepa de Salmonella Infantis del 2013 aislada de un paciente procedente de Lima (23) . La presencia de cepas productoras de BLEE dentro de esta serovariedad podría explicar el incremento de casos de Salmonella Infantis en las muestras remitidas al INS.…”

“…En el 2011, se presentó el último reporte donde la Salmonella Infantis se ubicó como la tercera serovariedad más frecuente (3) . La importancia del estudio de la Salmonella Infantis no se da sólo por la frecuencia de casos sino por la presencia de resistencia a más de dos antimicrobianos (8) y la producción de betalactamasas de espectro extendido (BLEE) (3) .…”

Salmonelosis invasiva en un hospital de Lima, Perú

“…Además, no se pudo describir los serotipos más frecuentes debido a las limitaciones del laboratorio para realizar la serotipificación, por ser un proceso laborioso y costoso que no se realiza en ningún hospital público ni privado. Es por ello necesario la implementación de métodos alternativos como la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), que ya se utilizan para la clasificación de salmonela (5) .…”

“…Para el manejo de enfermedad invasiva, se recomienda como primera línea ciprofloxacino y como alternativas otras fluoroquinolonas, cotrimoxazol o ceftriaxona, durante 14 días (15) . En nuestro estudio, ceftriaxona o ciprofloxacino fueron empleados como terapia inicial; sin embargo, se ha registrado una creciente susceptibilidad intermedia a ciprofloxacino (5) , coincidente con nuestro hallazgo. También se ha observado resistencia a ceftriaxona en salmonelosis invasiva por Salmonella Typhimurium, pero en nuestro estudio se ha visto mayor susceptibilidad a ceftriaxona que a ciprofloxacino.…”

“…La resistencia encontrada con mayor frecuencia fue al ácido nalidíxico, detectado en 14 de los 95 aislamientos. Aunque sólo un aislamiento fue resistente a ciprofloxacino, 35 aislamientos mostraron una susceptibilidad intermedia a esta quinolona (5) . En otro estudio realizado en Lima, también se ha descrito la presencia de aislamientos de Salmonella Typhi con susceptibilidad intermedia a ciprofloxacino (6) .…”