Objetivos. Realizar un análisis de las secuencias de los genes de las cisteína-proteasas (CP) de Tritrichomonas spp. reportadas en GenBank con el fin de desarrollar un análisis filogenético que ayude a esclarecer la posibilidad de transmisión entre especies. Materiales y métodos. Se realizó el análisis de las secuencias de CP de Tritrichomonas spp. disponibles en GenBank. Las secuencias halladas fueron alineadas, identificando sitios polimórficos. Se determinó el mejor modelo de sustitución nucleotídica y se construyeron árboles filogenéticos por cada gen, usando como grupo externo, Trichomonas vaginalis. Además, se construyeron secuencias en tándem de cada patógeno reportado, para construir árboles filogenéticos de mayor fortaleza en las ramas. Finalmente, se estimó la divergencia evolutiva de las secuencias en tándem. Resultados. El análisis filogenético evidenció la relación que puede existir entre T. suis porcino y T. foetus bovino. Las secuencias de T. foetus felino y bovino se encontraron en grupos separados; sin embargo, las de T. foetus felino fueron similares a las de bovinos de Namibia. También se pudo evidenciar la cercanía de T. foetus humano con T. foetus bovino y porcino. Conclusiones. El análisis filogenético de las secuencias de CP en diferentes especies de Tritrichomonas spp. permitió identificar relaciones entre las Tritrichomonas de bovinos, porcinos y humanos, pero también entre algunas secuencias aisladas de felinos con las de bovinos de Namibia, lo que sugiere la posibilidad del paso de la barrera entre especies.