Characteristics and phylogeny of DREB gene subfamily in soybeans [Glycine max (L.) Meril]

Abstract

Dehydration responsive element binding proteins (DREB) are transcription factors linked to cis-acting elements of the promoter region, which regulate plant gene expression in response to abiotic stress. In this study, 69 DREB gene sequences of soybean from NCBI belonging to 18 GmDREB (Glycine max DREB) genes of 1 to 8 copies distributed on 17 chromosomes were identified in which GmDREB3 has 8 copies and the rest consisted of 1 to 4 ones. The motif PTPEMAARAYDVAALALKGPSARLNFPEL containing 11 points associated with the promoter of functional genes existed in 4 main types with the most popular one RGRRWKERRWT found in 13/18 DREB proteins was regarded as the popular AP2 domain of DREB protein. The phylogenetic tree based on the nucleotide sequences of GmDREB genes and the amino acid sequences of the AP2 domain expresses the evolution and relationship of the DREB subfamily in soybean. This study provides comprehensive information about the DREB subfamily, which formed the basis for experimental analyses to clarify the function of some members of this subfamily.

TẠO CẤU TRÚC BIỂU HIỆN VÀ BIẾN NẠP GENE GmDREB7A THÔNG QUA AGROBACTERIUM Ở THUỐC LÁ

“…Các gen mục tiêu được kích hoạt phiên mã mạnh bởi sự liên kết giữa DREB -nhân tố trans với trình tự cis của promoter khi có tín hiệu stress từ ngoại cảnh [4]. Phân họ gen DREB ở đậu tương có nhiều thành viên, trong số đó một vài gen trong phân họ gen DREB ở cây đậu tương chưa được nghiên cứu và phân tích biểu hiện protein tái tổ hợp cũng như xác định chức năng sinh học của chúng [5]. Mặc dù hệ gen đậu tương đã được giải mã, tuy nhiên còn rất nhiều gen còn chưa được biết rõ cấu trúc cũng như chức năng của chúng.…”

“…Mặc dù hệ gen đậu tương đã được giải mã, tuy nhiên còn rất nhiều gen còn chưa được biết rõ cấu trúc cũng như chức năng của chúng. Một nghiên cứu gần đây cho thấy trong hệ gen đậu tương có tới 18 gen thuộc phân họ DREB [5] và có nhiều gen cần làm sáng tỏ vai trò của chúng với khả năng chống chịu các stress phi sinh học, trong số các gen đó có gen DREB7 mang mã số NM_001248108.2 trên GenBank [6]. Gen DREB7 (Gene ID: 100101894) của đậu tương có vị trí trên nhiễm sắc thể số 20 [7] là một gen giả định, chưa rõ chức năng.…”