Les maladies transmises par le sol représentent la cause principale de dégâts sur graines, plantules et plants repiqués dans les pépinières forestières. Les fontes en pré ou de postémergence constituent la première forme très connue de dégâts pendant les premières semaines qui suivent le semis. A un stade ultérieur, les plantules et les plants repiqués plus âgés peuvent avoir leur croissance ralentie, stoppée ou être tués par la nécrose racinaire, maladie complexe encore assez mal connue. La plupart des espèces de conifères peuvent être atteints à différents degrés: les Pinus, Picea et Larix sont les plus sensibles, alors que les Cupressaceae sont résistants. Pythium spp., Fusarium spp. (particulièrement F. oxysporum) et Rhizoctonia solani, champignons ubiquistes et pléophages, constituent la cause principale de fonte et de pourriture racinaire dans les pépinières européennes. Ces champignons coexistent souvent dans les sols, en particulier dans les pépinières établies depuis longtemps. La cause et la gravité des infections dépendent des conditions de l'environnement; la diagnose et la lutte préventive ne sont pas faciles en pratique. L'efficacité des produits chimiques a tendance à varier beaucoup d'une pépinière et d'une saison à l'autre. La fumigation et le traitement du sol à la vapeur sont les moyens de lutte les plus efficaces, mais ils sont coûteux et d'utilisation difficile au champ. La lutte intégree, combinant le potentiel naturel des sols résistants, des bactéries améliorant la croissance et atténuant les maladies, la capacité protectrice des mycorhizes, et de faibles doses de fongicide, se révèle un moyen très prometteur pour la lutte contre ces maladies.