Las cefaleas en emergencia suelen ser un reto diagnóstico para el evaluador cuando se trata de diferenciarlas entre primaria o secundaria a un trastorno neurológico subyacente. Objetivo: Describir la frecuencia de las señales de alarma en cefaleas secundarias y primarias en pacientes que acuden a emergencia. Materiales y Métodos: Estudio prospectivo de series de casos, que acuden a la Emergencia de Medicina de Adultos del Hospital Nacional Cayetano Heredia por cefalea, en un mes. Se excluyeron a los pacientes con cefalea traumática. Se usó un formato para la obtención de datos. Se clasificó a los pacientes en cefalea primaria o secundaria y se determinó la presencia de señales de alarma. Resultados: Se registraron 32 pacientes. Veintiséis (81%) tuvieron cefalea secundaria. De éstas, 9 se debieron a causas infecciosas y 9 a trastornos vasculares intracraneales. La cantidad de señales de alarma presentes en las cefaleas secundarias vario de 3 a 8, con una moda de 5; y en las primarias de 0 a 2, con una moda de 2. El empeoramiento progresivo y el examen neurológico anormal se presentaron en 96% de los casos de cefalea secundaria. Conclusiones: Las señales de alarma, empeoramiento progresivo y examen neurológico anormal fueron los más frecuentes. Las cefaleas secundarias fueron más comunes que las cefaleas primarias. Se hace énfasis en la utilidad de usar esta metodología en emergencia.