Caracterização e filogenia moleculares de Acanthamoeba.

Species designations within Acanthamoeba are problematic because of pleomorphic morphology. Molecular approaches, including DNA sequencing, hinted at a resolution that has yet to be fully achieved. Alternative approaches were required. In 1996, the Byers/Fuerst lab introduced the concept of sequence types. Differences between isolates of Acanthamoeba could be quantitatively assessed by comparing sequences of the nuclear 18S rRNA gene, ultimately producing 22 sequence types, designated T1 through T22. The concept of sequence types helps our understanding of Acanthamoeba evolution. Nevertheless, substantial variation in the 18S rRNA gene differentiates many isolates within each sequence type. Because the majority of isolates with sequences in the international DNA databases have been studied for only a small segment of the gene, designated ASA.S1, genetic variation within this hypervariable region of the 18S rRNA gene has been scrutinized. In 2002, we first categorized variation in this region in a sample of T3 and T4 isolates from Hong Kong, observing ten “alleles” within type T4 and five “alleles” within T3. Subsequently, confusion occurred when different labs applied redundant numerical labels to identify different alleles. A more unified approach was required. We have tabulated alleles occurring in the sequences submitted to the international DNA databases, and determined their frequencies. Over 150 alleles have occurred more than once within 3500+ isolates of sequence type T4. Results from smaller samples of other sequence types (T3, T5, T11 and T15, and supergroup T2/6) have also been obtained. Our results provide new insights into the evolutionary history of Acanthamoeba, further illuminating the degree of genetic separation between significant taxonomic units within the genus, perhaps eventually elucidating what constitutes a species of Acanthamoeba.

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“…U/H-C1, GenBank acc. #AY026245), the product of a doctoral thesis whose results were not subsequently published [ 66 ].…”

Section: Sequence Types Of Acanthamoebamentioning

confidence: 99%

Species, Sequence Types and Alleles: Dissecting Genetic Variation in Acanthamoeba

Fuerst

Booton

2020

Pathogens

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“…O gênero Acanthamoeba é um tipo de protozoário de vida livre que pode ser encontrado de duas formas: trofozoíto e cisto. A primeira é considerada sua forma vegetativa e a segunda é responsável pelo seu mecanismo de defesa resistindo a altas temperaturas e produtos químicos (ALVES, 2001). Este tipo de protozoário apresenta-se de diversas formas na natureza sendo responsável por patologias como a encefalite amebiana granulomatosa, ceratite crônica, úlceras cutâneas, abscessos, artrite e rinossinusite (LORENZO-MORALES et al, 2010).…”

Section: Introductionunclassified

Ceratite Por Acanthamoeba – Relato De Caso

Shinzato¹,

Oshiro²,

Ferreira³

et al. 2023

Pesquisas E Inovações Multidisciplinares Em Ciências Da Saúde E Biológicas No Século XXI, Volume 2

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“…Este problema é provado ser TVP-completo [67], ou seja, a enumeração de todas as árvores é impraticável, dada a sua complexidade: o número de árvores binárias com n folhas é igual a (2n -3)! [22], Este é um problema de otimização combinatorial 3 A principal objeção ao método consiste na denominada "atração de ramos longos" [48,1,41], que acontece pelo fato de se considerar que a evolução entre as espécies ocorra de forma lenta ou que, pelo menos, ocorra em velocidades similares entre as linhagens.…”

Section: Grande Problema Da Parcimôniaunclassified

Algoritmos evolutivos para problemas de projeto de redes aplicados à filogenia

Honda¹

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Lista de Figuras xii Lista de Tabelas xiii Lista de Tabelas 2.1 Número de possíveis árvores enraizadas e não enraizadas para n OTUs.. . 14 3.1 Matriz de distâncias para construção de árvore da Figura 3.4 [46] 5.1 Representação por vetor de características para a árvore da Figura 5.1.. . 5.2 Representação por predecessores para a árvore da Figura 5.2 64 5.3 Representação por número de Prtifer para a árvore da Figura 5.3 [50]. ... 65 5.4 Representação por Chaves Aleatórias de Redes para a árvore da Figura 5.4. 68 5.5 Complexidade de tempo e espaço onde n e m representam as quantidades de vértices e arestas, respectivamente 77 7.1 AE1 para conjuntos de sequências com inicialização aleatória 90 7.2 AE1 para 55 sequências de tamanho 1314, onde In. Al. significa inicialização aleatória da população sem a utilização de seeding 91 7.3 AE1 para conjuntos de sequências de tamanho 1314 com inicialização aleatória 92 xm Capítulo

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Caracterização e filogenia moleculares de Acanthamoeba.

Cited by 4 publications

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Species, Sequence Types and Alleles: Dissecting Genetic Variation in Acanthamoeba

Species, Sequence Types and Alleles: Dissecting Genetic Variation in Acanthamoeba

Ceratite Por Acanthamoeba – Relato De Caso

Algoritmos evolutivos para problemas de projeto de redes aplicados à filogenia

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