Boğmaca hastalığına karşı yeni aşı tasarımı ve analizi

Abstract

Boğmaca hastalığına neden olan Bordetella pertussis aerob, gram negatif ve patojenik bir bakteridir. Boğmacayı önlemek için en iyi yol aşı uygulanmasıdır. Öldürülmüş B. pertussis bakterileri kullanılan etkili aşılardır, ancak bu aşıların birçok yan etkisi vardır. Gereç ve Yöntemler: Rekombinant DNA teknolojisi yeni aşılar geliştirmek için farklı yazılımlar sunmuştur. In silico çalışmaları aşı keşfinin önemli bir parçası haline geldiğinden dolayı bu çalışmada B. pertussis'e karşı yeni epitop bazlı aşı tasarlanması ve analizi amaçlanmıştır. Bulgular: Tasarlanan aşının fizikokimyasal analizi sonucu aşının 53.718 kDa'lık bir molekül ağırlığına sahip olduğunu ve memeli hücrelerinde 20 saatten fazla, mayada 20 saatten fazla ve E. Coli' de ise 10 saatten fazla tahmini yarılanma ömrüne sahip olduğunu göstermiştir. Kararsızlık indeksi (37.64) ve alifatik indeksi (64.31) sonuçlarından aşının stabil yapıya sahip olduğu saptanmıştır. Hidropatisitenin değerinin-0.765 olmasıyla aşının hidrofilik bir protein olduğunu ve suda çözünür olduğunu söyleyebiliriz. AllerTOP ve ToxinPred'den elde edilen sonuçlar aşının insanlar üzerinde toksik ve alerjenik etkileri olmadığını ortaya koymuştur. ProtParam ve pepCalc'ın sonuçlarına göre aday aşı suda çözünür ve transmembran helix'e sahip değildir, bu nedenle bu proteinin rekombinant DNA teknolojisi yollarıyla geliştirilmesi ve E. Coli' de ekspresyonu zor olmayacaktır. Docking analizinden elde edilen sonuçlar aşının-607.64 skoru ile HLA-DRB10101'e maksimum afinite'ye sahip olduğunu ve bağışıklık sistemini uyarabildiğini göstermiştir. Sonuç: Aday aşı laboratuarda klonlanıp ve üretilebilir ve ayrıca aşının B. pertussis' e karşı etkinliği model hayvanlarında araştırılabilir.