El programa de mejoramiento de alfalfa requiere alternativas más amigables con el ambiente para incrementar la sanidad del cultivo. Las rizobacterias promotoras del crecimiento vegetal (RPCV) y endófitos de semillas constituyen una opción para inhibir hongos patógenos por la producción de compuestos antifúngicos o enzimas hidrolíticas. En Argentina, la alfalfa es afectada principalmente por Colletotrichum trifolii (Ct) y Phytophthora megasperma (Pm). Los objetivos fueron seleccionar bacterias con capacidad antifúngica contra Ct y Pm, e identificar una compatible con el rizobio INTA5 con bajaemisión de N2O para constituir un consorcio bacteriano sustentable. Diez cepas mostraron capacidad antifúngica con medias de porcentaje de inhibición (PI) entre 41,74-91,28 para Ct y 56,23-77,59 relativos al control para Pm. B2, B4, SC6 y MN1 fueron seleccionadas por su mayor capacidad de biocontrol y se estudió la compatibilidad con INTA5. Sólo B4 resultó compatible, por ello fue evaluada contra Ct sobre plántulas de alfalfa en experimentos bajo condiciones controladas. Esta cepa incrementó el número de plántulas sobrevivientes cuando las mismas fueron inoculadas con Ct. La disponibilidad de un consorcio bacteriano que estimule tanto el biocontrol como la fijación biológica de nitrógeno representa la estrategia preferida por el programa de mejoramiento de alfalfa.