SUMMARY. The virological surveillance of 3582 wild waterfowl in northern Australia from 2004 to 2009 for avian influenza virus (AIV) found an apparent prevalence (AP) of 1% (31 of 2989 cloacal swabs; 95% CI: 0.71%-1.47%) using a Taqman Type A real-time reverse transcription polymerase chain reaction test and no viral isolations from 593 swabs tested by the embryonating chicken egg culture method. From serological testing using a nucleoprotein competitive enzyme-linked immunosorbent assay for AIV antibody, 1131 of 3645 sera had $40% inhibition, indicating an apparent seroprevalence of 31% (95% CI: 29.5%-32.6%). This value suggests that the low AP from virological testing does not reflect the dynamics of AIV infection in these populations. Spatiotemporal and species variations in seroprevalence were found at wetland sampling sites, with consistently higher values at Kununurra in Western Australia (AP 5 39%, 95% CI: 36.9%-41.4%) compared to other locations. At Kununurra, seroprevalence values had a two-year cyclical periodicity and suggest this location is a hotspot of AIV activity. From hemagglutination inhibition (HI) testing using multiple subtype antigens, the highest AP of HI reactions were to H6 and H5 subtypes. The phenomenon of cyclic periodicity in NP seroprevalence at Kununurra is hypothesized as being related to the prevalent H6 subtype that may have either become predominant or cycled back into a mostly AIV naïve flock. The inclusion of serological testing provided insight into the dynamics of AIV infection in wild birds such as species risk profiles and spatiotemporal patterns, important epidemiological information for a risk-based approach to surveillance.RESUMEN. La vigilancia serológica de aves acuáticas silvestres en el norte de Australia para el virus de la influenza aviar muestra variaciones en la prevalencia y en la periodicidad cíclica de la infección.La vigilancia virológica de 3,582 aves acuáticas silvestres en el norte de Australia del año 2004 al 2009 para el virus de la influenza aviar (AIV) mostró una prevalencia aparente (AP) de 1% (31 de un total de 2,989 hisopos cloacales; con un intervalo de confianza 95%: 0.71% -1.47%) utilizando un método de transcripción reversa y reacción en cadena de la polimerasa con un Taqman tipo A sin aislamiento viral de 593 hisopos analizados por el método de cultivo en huevos embrionbados de pollo. A partir de las pruebas serológicas utilizando un ensayo inmunoenzimático competitivo para anticuerpos contra la nucleoproteína del virus de la influenza aviar, 1,131 de 3,645 sueros mostraron $40% de inhibición, lo que indica una aparente seroprevalencia del 31% (IC del 95%: 29.5% -32.6%). Este valor indica que la baja prevalencia aparente mostrada por las pruebas virológicas no refleja la dinámica de la infección por el virus de la influenza aviar en estas poblaciones. Variaciones espacio-temporales y por la especie en la seroprevalencia fueron encontradas en sitios de muestreo localizados en humedales, con valores consistentemente altos en Kununurra en Austra...