O objetivo desse estudo foi analisar o perfil de cirurgiões-dentistas prescritores, os fatores que influenciam as prescrições e os medicamentos mais frequentemente prescritos, em Centros de Especialidades Odontológicas. Foi realizado um estudo transversal, onde os cirurgiões-dentistas atuantes em centros de especialidades responderam a um questionário estruturado, de forma anônima. O questionário foi composto por dados demográficos, níveis de formação profissional, fontes de conhecimentos e de informações sobre o assunto, frequência de prescrição e indicação dos medicamentos mais prescritos. Aceitaram participar do estudo, 34 profissionais (73,9%). Os artigos científicos, a participação em eventos científicos e o contato com outros profissionais, representam a principal fonte de informação relatada pelos prescritores. O paracetamol (60,4%) foi o medicamento mais prescrito para dores leves e o ibuprofeno (71,4%) para controle de dores intensas. A amoxicilina (55,2%) foi o antimicrobiano mais prescrito pelos cirurgiões-dentistas. A média geral de acertos, associada aos dados categorizados, foi de 68%. Foram encontradas correlações positivas entre o tempo de formação e o conceito sobre uso racional de medicamentos. Enquanto que, para o conhecimento sobre profilaxia antimicrobiana foi identificada uma correlação negativa. Não houve diferença estatística entre as médias de acertos de profissionais formados em instituições públicas e privadas, bem como para os níveis de formação profissional. A formação acadêmica e continuada do prescritor é determinante para a prescrição racional de medicamentos em Odontologia.