Objetivo: Avaliar os efeitos de um protocolo terapêutico para controle de tronco em ambiente aquático e sua repercussão na função motora de indivíduos com Paralisia Cerebral (PC) diparética espástica, classificados no nível II ou III do GMFCS. Métodos: Trata-se de um ensaio clínico randomizado, estratificado e cego. Os participantes foram selecionados por meio de triagem dos prontuários do banco de dados da Clínica de PC da instituição. Da triagem de 1.599 prontuários, 20 crianças foram incluídas e 16 finalizaram o estudo. Os pacientes foram alocados por estratificação pelo nível do GMFCS em grupo controle (GC) que realizou fisioterapia convencional e grupo intervenção (GI) que realizou o protocolo de exercícios aquáticos. Ambos os grupos foram submetidos à avaliação pré e pós-intervenção com os seguintes instrumentos: Gross Motor Function Measurement (GMFM), Trunk Control Measurement Scale (TCMS), Eletromiografia de superfície (EMG) dos músculos reto abdominal e latíssimo do dorso, Teste de Caminhada de 6 minutos (TC6), Timed up and Go (TUG), Escala Visual Analógica (EVA) da marcha, Flexômetro de Wells e Child Health Questionnaire (CHQ) PF-50. Resultados: A amostra apresentou-se homogênea para as análises. Na análise intergrupo observa-se melhora no equilíbrio dinâmico sentado (p = 0,001) e reações de equilíbrio (p=0,015) para o GI, houve melhora da flexibilidade da musculatura posterior do tronco e membros inferiores no GC (p = 0,017), para os demais instrumentos não teve diferença significativa nas análises intergrupos. Na análise intragrupo para o GI, constatou melhora no equilíbrio estático e dinâmico do tronco nas três subescalas da TCMS, equilíbrio estático sentado (p= 0,033), equilíbrio dinâmico sentado (p = 0,012) e reações de equilíbrio (p = 0,027), assim como para a pontuação total da escala (p = 0,012); no GMFM, o aumento da pontuação das dimensões D (p = 0,012) e E (p = 0,020), bem como a média das três dimensões (p = 0,012); na EMG observa-se melhora da ativação muscular para o músculo LD; melhora da dor (p = 0,026); ambos os grupos melhoraram significativamente (p = 0,012) a distância percorrida no TC6 e o tempo no TUG, GC (p = 0,017) e GI (p = 0,036). Conclusão: O protocolo de exercícios aquáticos apresentou benefícios para o controle de tronco de indivíduos com PC diparética espástica classificados no nível II ou III do GMFCS sendo efetivo na melhora das reações de equilíbrio e no equilíbrio dinâmico.Palavras-chave: paralisia cerebral, hidroterapia, tronco.