Autoimmune profiling with protein microarrays in clinical applications

Abel, Laura; Kutschki, Simone; Turewicz, Michael; Eisenacher, Martin; Stoutjesdijk, Jale; Meyer, Helmut E.; Woitalla, Dirk; May, Caroline

doi:10.1016/j.bbapap.2014.02.023

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“…Although none of the PCNSL Igs was reactive with common Ags, the large-scale protein microarray, successfully used for autoimmune profiling in neurodegenerative and inflammatory disorders (13)(14)(15), identified 1547 proteins that were recognized by the 23 recAbs. Interestingly, recAbs frequently recognized proteins physiologically expressed by CNS neurons.…”

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confidence: 99%

Primary Central Nervous System (CNS) Lymphoma B Cell Receptors Recognize CNS Proteins

Montesinos‐Rongen

Purschke

Brunn

et al. 2015

The Journal of Immunology

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Primary lymphoma of the CNS (PCNSL) is a diffuse large B cell lymphoma confined to the CNS. To elucidate its peculiar organ tropism, we generated recombinant Abs (recAbs) identical to the BCR of 23 PCNSLs from immunocompetent patients. Although none of the recAbs showed self-reactivity upon testing with common autoantigens, they recognized 1547 proteins present on a large-scale protein microarray, indicating polyreactivity. Interestingly, proteins (GRINL1A, centaurin-α, BAIAP2) recognized by the recAbs are physiologically expressed by CNS neurons. Furthermore, 87% (20/23) of the recAbs, including all Abs derived from IGHV4-34 using PCNSL, recognized galectin-3, which was upregulated on microglia/macrophages, astrocytes, and cerebral endothelial cells upon CNS invasion by PCNSL. Thus, PCNSL Ig may recognize CNS proteins as self-Ags. Their interaction may contribute to BCR signaling with sustained NF-κB activation and, ultimately, may foster tumor cell proliferation and survival. These data may also explain, at least in part, the affinity of PCNSL cells for the CNS.

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Primary Central Nervous System (CNS) Lymphoma B Cell Receptors Recognize CNS Proteins

Montesinos‐Rongen

Purschke

Brunn

et al. 2015

The Journal of Immunology

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“…Therefore, protein microarrays may become an established tool for routine diagnostic procedures in the future. The identifi cation of relevant target proteins requires the development of new strategies to handle and process the vast quantities of data so that these data can be evaluated and correlated with relevant clinical issues, such as disease progression, clinical manifestations and prognostic factors (Abel et al 2014 ).…”

Section: The Markers Of Autoimmune Diseasesmentioning

confidence: 99%

Sensing the Whole Body and Clinical Diagnostics

Demchenko

2015

Introduction to Fluorescence Sensing

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“…Gli autoanticorpi sono stati identificati come i principali attori in diverse malattie immuno-mediate; il danno tissutale e la sua riparazione sono fenomeni di particolare importanza per l'avvio di queste malattie. Abel et al [68] forniscono una breve panoramica sui metodi attualmente utilizzati per l'identificazione di biomarcatori, con particolare attenzione ad autoanticorpi nelle malattie neurodegenerative e alla loro identificazione con microarray di proteina. Oggi i nuovi format hanno reso questa tecnica uno strumento in crescita per la scoperta di nuovi biomarcatori, per la ricerca nell'ambito dell'interattoma, nella genomica funzionale ecc.…”

Section: Microarray DI Proteineunclassified

Panoramica sul microarray

Morozzi

2015

Riv Ital Med Lab

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Ricevuto: 16 marzo 2015 / Accettato: 2 aprile 2015 © Springer-Verlag Italia 2015Riassunto Il microarray, spesso paragonato alla polymerase chain reaction e alle tecniche del DNA ricombinante, è tra le metodiche di biologia molecolare quella di più forte impatto scientifico. Nonostante la tecnica si basi su principi noti della biochimica e della biologia molecolare, come la specificità di legame di sequenze nucleotidiche complementari, a un certo momento del processo evolutivo tecnologico è stato possibile effettuare analisi su grande scala avvalendosi di tecniche miniaturizzate; è stata questa la vera conquista che ha portato gli scienziati a fare un grande "balzo avanti". Esistono varie classi di microarray, tutte di grande interesse sia nel campo della ricerca di base sia nella diagnostica medica. In certi settori della medicina la tecnica è entrata nella diagnostica di routine, mentre in altri rappresenta solo una speranza in attesa di validazione. Esistono problematiche diverse per ciascuna tipologia di microarray; in generale, il disegno sperimentale, l'elaborazione del campione, la normalizzazione dei dati e infine l'analisi e l'interpretazione costituiscono i passaggi fondamentali per produrre risultati con tecnologia microarray. Oggi le tecniche di biologia molecolare permettono l'analisi contemporanea di migliaia di geni, proteine o metaboliti e hanno cambiato la dimensione della ricerca biologica, facendo passare i ricercatori dallo studio dei singoli geni o proteine allo studio sistematico di tutti i geni e proteine. Risulta, quindi, di particolare interesse per la medicina molecolare poter disporre di una visione globale dei processi biologici, aprendo così la strada per migliaia di potenziali applicazioni. Infatti, la disponibilità di tecniche che permettono questo approccio "globale" offre, per esempio, la possibilità di confrontare due diverse B G. Morozzi situazioni biologiche contemporaneamente come, per esempio, lo stato di salute nei confronti della presenza di malattia o un trattamento farmacologico rispetto all'assenza di trattamento ecc., oppure esaminare i processi biologici complessi, le vie metaboliche e le interazioni tra biomolecolecole.Parole chiave Microarray · Applicazioni del microarray · Biologia molecolare · Medicina molecolare Summary The DNA microarray, often compared to the polymerase chain reaction and the recombinant DNA technique, is among the many methods of molecular biology, but the one that has had the strongest scientific impact. Although the technique is based on the known principles of biochemistry and molecular biology, such as the specificity of the binding of complementary nucleotide sequences, but at certain point in the technological evolutionary process, it was possible to perform analysis on a much larger scale while using miniaturized techniques; this was the real achievement that has led scientists to make a great "leap forward". There are various kinds of microarray, all of which are of great interest in both the fields of basic research and in medical diagn...

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Autoimmune profiling with protein microarrays in clinical applications

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Primary Central Nervous System (CNS) Lymphoma B Cell Receptors Recognize CNS Proteins

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