Introdução: A criptosporidiose é uma doença diarreica que afeta principalmente crianças e indivíduos imunocomprometidos. Seu diagnóstico laboratorial é baseado em técnicas de coloração permanente e muitos desafios ainda precisam ser vencidos para a sua implementação como rotina de laboratórios clínicos. Objetivos: Comparar a eficácia de diferentes técnicas de coloração permanente na detecção de oocistos de Cryptosporidium spp. em amostras de fezes e avaliar a melhor metodologia a ser implementada em laboratórios clínicos. Métodos: Indivíduos apresentando suspeita clínica de criptosporidiose foram convidados a participar do estudo. Um total de 18 amostras de fezes (com e sem o conservante formol 10%) foram analisadas. Cinco diferentes abordagens foram realizadas: Ziehl-Neelsen (ZN) com e sem aquecimento, Safranina (SF) com e sem aquecimento e Panótico Rápido. Resultados: Das 18 amostras analisadas, sete (38,9%) foram positivas para Cryptosporidium spp. por pelo menos uma das técnicas de coloração utilizadas. A técnica da SF com aquecimento teve o melhor desempenho, apresentando maior percentagem de acertos (77,78%) e menor percentagem de erros (5,56%) quando comparada às outras técnicas de coloração. A concordância estatística foi “leve” (Kappa=0,36, p<0,0001). A qualidade da fixação do esfregaço fecal em lâmina e da coloração mostrou resultados satisfatórios tanto macro quanto microscopicamente. Conclusão: O presente estudo chama a atenção para a frequência de infecção moderada para Cryptosporidium spp. em Juiz de Fora e a necessidade de avaliação das técnicas utilizadas na rotina laboratorial para diagnóstico de coccídeos.