Analisar os fatores associados ao diagnóstico por Covid-19 dos trabalhadores da Atenção Primária à Saúde (APS) e profissionais pós-graduandos vinculados aos Programas de Residência em Saúde da APS, no Brasil durante a pandemia. Estudo transversal, realizado no Brasil, nos meses de agosto de 2020 a março de 2021, com um total de 455 trabalhadores da APS e 102 profissionais pós-graduandos vinculados aos Programas de Residência em Saúde da APS. Foram avaliadas as variáveis sociodemográficas, clínicas e ocupacionais e o diagnóstico por Covid-19. Os dados foram coletados por meio de um questionário validado autoaplicável, disponibilizado em ambiente virtual. Foi realizada análise estatística descritiva e teste Qui-Quadrado ou exato de Fisher, com nível de significância (p≤0,05) para a análise de associação e a razão de prevalência para calcular a força de associação. A prevalência de trabalhadores da APS diagnosticados com Covid-19 foi de 15,2% e 29,4% entre os profissionais residentes. Os fatores associados ao diagnóstico por Covid-19 entre os trabalhadores da APS foram pertencer a regiões brasileiras do Nordeste (p=0,04); Centro-Oeste (p=0,01); Sudeste (p= 0,00) e Sul (p=0,05). A razão de prevalência de diagnóstico por Covid-19 nos profissionais residentes foi aproximadamente 1,9 vezes maior que nos trabalhadores da APS (RP=1,939; IC=95% 1,338 - 2,811; P=0,001). Foi identificada alta prevalência de Covid-19 nos trabalhadores da APS e residentes no Brasil, bem como foi possível identificar os fatores associados. Estes achados podem contribuir para fomentar estratégias voltadas para segurança do trabalhador atuante na APS.