A Baía de Todos os Santos (BTS) constitui uma Área de Preservação Ambiental (APA), área protegida a qual equivale à categoria V da International Union for Conservation of Nature, dentro da zona urbana da cidade do Salvador, na costa do estado da Bahia, a região de maior diversidade de corais do oceano Atlântico Sul Ocidental. Esta área protegida não possui, ainda, um plano de manejo, ferramenta que limita e regulariza o uso dos recursos de maneira a promover a conservação do meio ambiente. Os recifes da BTS estão dispostos em duas regiões com distintos regimes hidrodinâmicos e impactos gerados pela atividade humana. Um grupo de recifes localiza-se na entrada da baía (Externos), diretamente expostos à ação das ondas, e o outro grupo está situado no interior da baía (Internos), sob efeito de uma menor energia hidrodinâmica. O grupo dos recifes internos está mais próximo da cidade do Salvador, com 2,8 milhões de habitantes, e de um pólo industrial. Atualmente o despejo dos efluentes domésticos e industriais, diminuiu, embora não o suficiente para afirmar que houve melhoria na qualidade ambiental . Uma área de proteção ambiental, com um eficiente plano de manejo, poderá ser uma importante ferramenta legal para esta finalidade. Este trabalho tem como objetivo verificar se as diferenças existentes entre os dois grupos de recifes, quanto à comunidade dos organismos macrobentônicos recifais e a