El fitoplancton es uno de los componentes primarios de los ambientes acuáticos marinos. En los arrecifes de coral, tiene un papel fundamental porque provee alimento a los corales y, secundariamente, da alimento al zooplancton, por lo que crea interacciones tróficas importantes en este ecosistema. El deterioro de los arrecifes a nivel global ha ocasionado, entre muchos otros factores, un aumento en la abundancia de especies de fitoplancton debido al incremento de nutrientes y sedimentos que no favorecen a la salud de estos ecosistemas. En el Parque Nacional Natural Corales del Rosario y de San Bernardo, en particular, estos efectos se perciben durante la época de precipitaciones, principalmente por descargas continentales. Por lo tanto, este estudio intenta contribuir con información detallada de la comunidad fitoplanctónica que se presenta en el área protegida y la abundancia relativa durante dicho periodo. Para esto se analizaron 16 muestras recolectadas en la temporada de mayor precipitación entre 2016 y 2019 en cuatro estaciones dentro del área del parque, mediante arrastres horizontales con una red de 63 µm. Se identificaron 228 morfoespecies de fitoplancton que corresponden a especies de ambientes de aguas someras y costeras. Las diatomeas fueron el grupo de mayor representatividad durante 2016, 2017 y 2019, con la presencia de especies como Skeletonema costatum, Chaetoceros affinis y Bacteriastrum furcatum. Durante 2018 los dinoflagelados aumentaron su representatividad por encima de las diatomeas, con la presencia de algunas especies con potencial nocivo como Pyrodinium bahamense y Alexandrium monilatum, las cuales registraron las mayores abundancias relativas en ese año.