Application of Taguchi Method for Optimization of the Peptide Ligand Structure

Abstract

Аннотация. Для моделирования структуры пептидного лиганда в составе комплекса белков главного комплекса гистосовместимости и Т-клеточного рецептора (PDB ID 2Z31) был использован метод Тагучи, позволивший сократить число экспериментов, требуемых для анализа вклада различных аминокислотных остатков по каждой позиции активного участка молекулы лиганда. В соответствии с методом Тагучи исследован ряд прототипов молекул лиганда в виде пространственных моделей, которые были использованы для молекулярного докинга с оптимизацией структуры комплексов по критерию минимизации внутренней молекулярно-механической энергии. Получена аминокислотная последовательность пептида, которая демонстрирует уменьшение энергии комплекса по сравнению с природным лигандом, что демонстрирует применимость метода Тагучи для оптимизации структуры пептидов с целью разработки новых молекул лигандов.Ключевые слова: метод Тагучи, оптимизация структуры, пространственная модель, первичная структура.