Las Instituciones de Educación Superior (IES) no disponen de un método o marco referencial que apoye al proceso de auditoría, que haga uso de técnicas estratégicas especializadas, ni permitan minimizar los riesgos de calidad y seguridad en los resultados obtenidos, a fin de que puedan aportar como un servicio agregado a los demás que se brindan dentro de estas instituciones y permitan la evaluación o acreditación institucional. Si bien a nivel de IES, existen estudios de propuestas de guías de auditoría informática aplicando metodologías, se conoce que ninguna de ellas contempla los servicios y los procesos específicos que se desarrollan dentro de estas instituciones, con el objetivo de controlar y garantizar la seguridad de los activos tecnológicos frente a las diferentes amenazas e incidentes, así como determinar las oportunidades de mejora. El objetivo de esta investigación es desarrollar un Método de Auditoría Informática para Instituciones de Educación Superior (MAIIES) como apoyo metodológico al proceso de auditoría informática en las IES. Este método incluye la fase de planeación, ejecución, comunicación de resultados, validación y seguimiento del ejercicio de auditoría con cuarenta y siete actividades agrupadas en cada fase. La investigación comprende dos fases. Para la primera fase, se realizó una extensa revisión bibliográfica, la identificación de factores y métricas de calidad y seguridad de la información en auditorías, análisis de marcos referenciales, estudio de la situación actual en las IES de Ecuador que pertenecen a la Corporación Ecuatoriana para el Desarrollo de la Investigación y la Academia (CEDIA). En la segunda fase, se propone el diseño y estandarización del MAIIES.