Analysis of the CODIS autosomal STR loci in four main Colombian regions

Paredes, Manuel; Galindo, Aida; Bernal, Margarita Isabel Poveda; Avila, Sandra; Andrade, Diana; Vergara, Carlos; Rincón, Magner; Romero, Rosa Elena; Navarrete, Mayda; Cárdenas, Martha; Ortega, Janeth; Suárez, Diego; Cifuentes, Adriana; Salas, Antonio; Carracedo, Ángel

doi:10.1016/s0379-0738(03)00271-8

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“…Colombia has been the target of a large number of genetic studies, most of them, however, comprise forensic genetics analysis, e.g. short tandem repeat (STR) databases of forensic use (Bravo et al, 2001;Paredes et al, 2003), but with little focus on the anthropological and demographic issues. One of the first attempts to unravel the ancestry of ''Mestizo'' and ''Afro-Colombians'' was performed by Rodas et al (2003) by analyzing mitochondrial DNA (mtDNA) restriction fragment length polymorphisms (RFLP) variation and characterizing the main Native American, West European, and African haplogroups; whereas, Torres et al (2006) studied the mtDNA RFLP variation in Colombian Native Americans alone.…”

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confidence: 99%

The mtDNA ancestry of admixed Colombian populations

Salas

Acosta

Álvarez-Iglesias

et al. 2008

American J Hum Biol

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A total of 185 individuals from Colombia were sequenced for the first hypervariable region (HVS-I) of the mitochondrial DNA (mtDNA) genome, and a subset of these individuals were additionally genotyped for the second hypervariable segment (HVS-II). These individuals were collected according to their "self-reported ethnicity" in Colombia, comprising "Mestizos," "Mulatos," and "Afro-Colombians." We used databases containing more than 4,300 Native American lineages, 6,800 Africans, and 15,600 Europeans for population comparisons and phylogeographic inferences. We observe that Mulatos and Afro-Colombians have a dominant African mtDNA component, whereas Mestizos carry predominantly Native American haplotypes. All the populations analyzed have high diversity indices and there are no signatures of dramatic genetic drift episodes. Central and South America are the main candidate source populations of the Colombian Native American lineages, whereas west-central, southwest, and southeast Africa are the main original mtDNA sources for the African Colombian mtDNAs. We found that our results differ from those obtained in other studies for the same "population groups" in terms of haplogroup frequencies. This observation leads us to conclude that (i) self-reported ancestry is not a reliable proxy to indicate an individual's "ethnicity" in Colombia, (ii) our results do not support the use of outmoded race descriptions (Mestizos, Mulatos, etc.) mainly because these labels do not correspond to any genetically homogeneous population group, and (iii) studies relying on these terms to describe the population group of the individual, which then treat them as genetically homogeneous, carry a high risk of type I error (false positives) in medical studies in this country and of misinterpretation of the frequency of observed variation in forensic casework.

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confidence: 99%

The mtDNA ancestry of admixed Colombian populations

Salas

Acosta

Álvarez-Iglesias

et al. 2008

American J Hum Biol

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“…Todos los cálculos se basaron en las frecuencias alélicas de la población de los Andes colombianos (29).…”

Section: Análisis De Filiaciónunclassified

Mitochondrial DNA diversity in prehispanic bone remains on the eastern Colombian Andes

Casas-Vargas¹,

Romero²,

Usaquén³

et al. 2017

biomedica

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Introducción. El ADN antiguo que se extrae de los restos óseos humanos permite analizar la composición genética de las poblaciones precolombinas y determinar las dinámicas poblacionales que dieron origen a la diversidad de las poblaciones contemporáneas.Objetivo. Determinar la diversidad genética y la relación con otras comunidades contemporáneas y antiguas de América, de los restos óseos asociados al Templo del Sol en Sogamoso, Colombia.Materiales y métodos. Se analizaron 13 individuos pertenecientes al periodo precolombino muisca (siglos IX-XVI d. C.), provenientes de los alrededores del Templo del Sol en Sogamoso, Boyacá, Andes orientales colombianos. Se amplificó el ADN mitocondrial (ADNmt) y se determinaron los polimorfismos de la longitud de los fragmentos de restricción (Restriction Fragment Length Polymorphism, RFLP) para los cuatro haplogrupos amerindios (A, B, C y D). Además, se amplificaron y analizaron los marcadores autosómicos, incluida la amelogenina, y los marcadores de los polimorfismos de repeticiones cortas en tándem (Short Tandem Repeat, STR) del cromosoma Y.Resultados. El haplogrupo A fue el linaje mitocondrial más frecuente en esta población, seguido de los haplogrupos B y C; no se detectó el haplogrupo D. Los análisis de variación genética indicaron una diversidad semejante a la de las poblaciones pertenecientes a la familia lingüística chibcha, contemporánea en Colombia y Centroamérica. Se logró hacer la determinación molecular del sexo de los individuos estudiados y compararla con los datos osteológicos. Con una sola excepción, los datos bioantropológicos y moleculares concordaron.Conclusiones. Estos resultados aportan nuevos elementos a la hipótesis del origen centroamericano de los grupos chibchas del altiplano cundiboyacense con base en marcadores genéticos, y permitieron establecer el sexo y las relaciones de parentesco.

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“…Para la división de la población por regiones se implementó la clasificación de acuerdo a la de investigación de la Unidad de Genética del Instituto Nacional de Medicina Legal y Ciencias Forenses de Colombia 15 . La división territorial adoptada fue la siguiente:…”

Section: Materiales Y Métodosunclassified