RESUMO: Os parasitos têm sido reconhecidos como importantes componentes dos ecossistemas. Esses usam o ambiente para a sua transmissão e podem infectar diversas espécies de peixe no ecossistema. O presente estudo investigou a ecologia parasitária em Squaliforma emarginata e Harttia duriventris da bacia Igarapé Fortaleza, região de Macapá, estado do Amapá, Norte do Brasil. Para ambos os peixes houve similar nível de infecção por Ichthyophthirius multifiliis (Ciliophora), parasito dominante e com dispersão agregada. Spironucleus sp. (Hexamitidae) ocorreu somente nas brânquias de H. duriventris, enquanto Trinigyrus mourei (Monogenoidea) e Procamallanus inopinatus (Camallanidae) foram encontrados somente S. emarginata. O índice de Brillouin, riqueza de espécies de parasitos, uniformidade e dominância de Berger-Parker foram maiores em S. emarginata, mas para ambos os hospedeiros a comunidade parasitária foi caracterizada por baixa diversidade e baixa uniformidade. Em H. duriventris e S. emarginata, o baixo parasitismo não afetou o fator de condição relativo (Kn) dos hospedeiros. Em S. emarginata houve correlação positiva da abundância de I. multifiliis com o comprimento, peso e Kn dos hospedeiros, enquanto que em H. druventris somente o peso e Kn mostram correlação com a abundância desse ciliado. Este foi o primeiro registro de I. multifiliis, Spironucleus sp. e P. inopinatus para H. duriventris e S. emarginata.Palavras-chave: Amazônia, diversidade, parasitos, peixes de água doce, metazoários.ABSTRACT: Parasites have been recognized as important components of ecosystems. These use the environment to its transmission and can infect diverse fish species in the ecosystem. This study investigated the parasites ecology in Squaliforma emarginata and Harttia duriventris from the Igarapé Fortaleza basin, in municipality of Macapá, Amapá State, Northern Brazil. For both fish there was similar infection level by Ichthyophthirius multifiliis (Ciliophora), parasite specie dominant and that had an aggregate dispersion. Spironucleus sp. (Hexamitidae) occur only in gills of H. duriventris, but Trinigyrus mourei (Monogenoidea) e Procamallanus inopinatus (Camallanidae) were found only in S. emarginata. Brillouin index, parasites species richness, evenness index and Berger-Parker index were higher for S. emarginata when compared to H. duriventris, but to both hosts the community of parasites was characterized by low diversity and low uniformity. In H. duriventris and S. emarginata, low parasitism not influenced the relative condition factor (Kn) of the hosts. In S. emarginata there was positive correlation in abundance of I. multifiliis with length, body weight and Kn of the hosts, while that in H. druventris only the body weight and Kn present positive correlation with the abundance of I. multifiliis in gills. This was the first report of I. multifiliis, Spironucleus sp. and P. inopinatus to H. duriventris and S. emarginata.