Allele frequencies of 15 STRs in a representative sample of the Brazilian population

Poiares, Lilian de Assis; Osório, Paulo de Sá; Spanhol, Fábio Alexandre; Coltre, Sidnei César; Rodenbusch, Rodrigo; Gusmão, Leonor; Largura, Álvaro; Sandrini, Fabiano; Silva, Cláudia Maria Dornelles da

doi:10.1016/j.fsigen.2009.05.006

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“…Previous studies demonstrate the robustness of these markers when analysing the phenomenon of admixture (de Assis Poiares et al, 2010;González-Herrera et al, 2010;Kraaijenbrink et al, 2014). Two models can describe the different contributions from the ancestral groups to the Mexican mestizo populations.…”

Section: Discussionmentioning

confidence: 99%

Exploring the African genetic influence in the first settlement founded by African slaves in America

Solé-Llussà

Gorostiza

Rubí-Castellanos

et al. 2015

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The present study aims to outline the genetic makeup of the current population of the town of Yanga (Veracruz State, Mexico), the first Latin American settlement founded by African slaves in Mexico. For this purpose, we carried out the genetic characterization of 60 individuals from Yanga, analysing 15 autosomal short tandem repeats (STRs) and interpreting the results in the context of the admixed population known as Mexican mestizos. The genetic contribution from the three most important human groups in the current admixed Yanga population was calculated using Structure software. We detected a high percentage of Amerindian (48%) and European inheritance (44.7%), and a much less important African contribution (7.3%). These results were then compared with 10 other Mexican mestizo populations. The results fit the tri-hybrid model for admixture characterized by a high genetic contribution from Europeans and Africans in the north-though the African influence is lower-and a decreasing contribution from these two populations to the south and southeast. Conversely, the Amerindian component presents maximum values in the south and minimum values in the north. The Amerindian and European genetic traces are related to their ancestral settlements, but the African contribution can be explained by other parameters. To understand the current African genetic traces, we have to assume that there was a redistribution of these population groups and an important admixture phenomenon which led to the dilution of the African ancestral genetic pool. Furthermore, admixture was favoured by conditions that allowed individuals who intermarried to ascend in social status. These reasons would explain why despite the fact that Yanga was founded by black slaves, high levels of African ancestry are not found in the current population.

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Section: Discussionmentioning

confidence: 99%

Exploring the African genetic influence in the first settlement founded by African slaves in America

Solé-Llussà

Gorostiza

Rubí-Castellanos

et al. 2015

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“…São os chamados "stutters" ou picos de gagueira resultantes do processo de repetição pela polimerase de cópias com pareamento incorreto, caracterizando um artefato técnico bem definido. Na literatura, estes produtos também têm sido referidos como banda de sombra (HAUGE e LITT, 1993;KLINTSCHAR e WIEGAND, 2003 Os primeiros trabalhos brasileiros surgiram nos anos 2.000 na literatura internacional e seus dados foram quase que invariavelmente extraídos de casos forenses de investigação de paternidade (FERREIRA DA SILVA et al, 2002;FIGUEIREDO et al, 2004;GOES et al, 2004;WHITTLE, ROMANO e NEGREIROS, 2004;RODRIGUES, PALHA TDE e DOS SANTOS, 2007;DEL CASTILLO et al, 2009;DE ASSIS POIARES et al, 2010;AGUIAR et al, 2012;VIEIRA et al, 2013;GASTALDO et al, 2015;SANTOS et al, 2015) Merece destaque um estudo envolvendo os mesmos locos estudados no presente trabalho que revelou similaridade da frequência alélica entre brasileiros e ameríndios, europeus (portugueses principalmente) e africanos (VIEIRA et al, 2013 • Casos forenses -correspondência entre suspeito de crime e evidência.…”

Section: Polimorfismos Genéticos E a Identificação Humanaunclassified

“…A Figura 9 ilustra o eletroferograma obtido no programa de análise GeneMapper ID-X, mostrando os 2 picos alélicos (indicados pelas setas azul e preta) verificados no loco D18S51 da amostra de número 194. (DE ASSIS POIARES et al, 2010;WOLFGRAMM EDE et al, 2011;VIEIRA et al, 2013). Os locos D2S1388 (PE = 0,61 e TPI = 0,025986) e D18S51 (PE = 0,591 e TPI = 0,028853) foram os mais discriminatórios e apresentaram a maior probabilidade de exclusão e consequentemente o menor índice de coincidência aleatória, indicando serem estes importantes marcadores genéticos para a identificação humana.…”

Section: Percentages Of Molecular Varianceunclassified

“…O presente estudo reforçou a conclusão de outros trabalhos populacionais (GOES et al, 2004;DEL CASTILLO et al, 2009;DE ASSIS POIARES et al, 2010;WOLFGRAMM EDE et al, 2011;AGUIAR et al, 2012;VIEIRA et al, 2013;ALVES et al, 2014;SANTOS et al, 2015)…”

Section: Percentages Of Molecular Varianceunclassified

“…). Esta mesma similaridade foi encontrada entre habitantes do nordeste e centro-oeste brasileiro e da cidade do Rio Janeiro, o que pode explicar o padrão de imigração durante a colonização no Brasil(WOLFGRAMM EDE et al, 2011).Um estudo com mais de 12 mil pessoas brasileiras revelou que os locos autossômicos STR mais polimórficos são o D2S1338 e o D18S51(DE ASSIS POIARES et al, 2010). Estas informações são muito valiosas, pois quanto mais diferenças se encontram em um loco, mais singularidade se confere ao indivíduo.Os polimorfismos de 9 STR, incluindo frequências alélicas dos locos STR 16S539, D7S820, D13S317, CSF1PO, TPOX, TH01, F13A01, FESFPS e vWA, relativas à população de Alagoas foram estudados em amostras de 598 indivíduos da população de Alagoas no Nordeste do Brasil.…”

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Análise de frequências alélicas de 15 marcadores STR em alunos da Faculdade de Odontologia de Bauru

Frederico¹

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Agradecer é reconhecer a importância de uma pessoa em nossa vida. Para que alguma conquista seja alcançada, a presença de pessoas que estão dispostas a nos ajudar é imprescindível! Portanto, nada mais justo do que reconhecer a grande importância que essas pessoas fizeram em um caminho que foi construído com a ajuda de muitas mãos. Inicialmente, gostaria de agradecer ao Dr. Carlos Ferreira dos Santos, meu orientador e amigo. Tive a grande honra de conhecê-lo e de ser escolhido para ser seu orientando. Com toda a certeza, você deixará seu legado para todos que têm a oportunidade de conviver com você. Se pudesse descrevê-lo em poucas palavras, as escolhidas seriam competência, retidão e generosidade. Sem essa última qualidade, eu não estaria escrevendo essas linhas. Muito obrigado, querido amigo! Dra. Elza Araújo Torres, muito obrigado! Tivemos a oportunidade de trabalhar na mesma instituição no passado, mas trabalhando agora nessa pesquisa pude comprovar sua competência acadêmica. Sem sua presença, esse trabalho não existiria. Seu amor pela área da genética me contagiou e me fez ver um mundo novo. Thiago Dionísio. Tão jovem e tão brilhante. Seu conhecimento e seu companheirismo foram cruciais ao longo da pesquisa. Na reta final, sua liderança orquestrou um belo trabalho em equipe. Muito obrigado! Adriana Calvo. Sempre disposta a ajudar. A Plataforma Brasil, uma ilustre complicação para todo pesquisador, é algo simples nas suas mãos! Muito obrigado pela ajuda e pela presença sempre proativa. Daniel Brozoski, o gringo do laboratório. Sempre calado e com a fala mansa, mas disposto a decifrar programas que seriam cruciais para a análise dos resultados. Muito obrigado! Cinthia Bachir Moises e Weslley Tsutsumida, diretores executivos, CEO-Chief Executive Officer-da empresa Thermo Fisher Brasil, que não pouparam esforços no momento das análises dos resultados obtidos ao longo da pesquisa. Alessandro Alves Pereira, aluno do programa de pós-graduação da ESALQ, Piracicaba e Dra. Maria Imaculada Zucchi, pesquisadora da da Universidade Estadual de Campinas e professora credenciada no programa de pós-graduação da ESALQ, que tiveram a grande disposição de compartilhar seus conhecimentos sobre programas de análises estatísticas de dados de Genética de População. Muito obrigado! Gostaria de agradecer aos funcionários do laboratório de Farmacologia, especialmente à Viviane A. Parisi Santos, pela valiosa ajuda na coleta de saliva dos alunos e na extração de DNA e a todos os funcionários da FOB/USP. Nos anos que estive nessa instituição, percebi que o clima organizacional propicia uma fluidez na equipe que parece trabalhar como uma única grande engrenagem. Obrigado a todos por facilitarem minha vida acadêmica. Agradeço a minha mãe, Zuza, e a meu padrasto, Clodoaldo, por estarem sempre ao meu lado não me deixando em momento algum desistir dessa empreitada e cuidando dos meus filhos nos momentos em que tinha de me dedicar aos estudos. Obrigado Leda e Ricardo que sempre estiveram ao meu lado! Obrigado Valdete por cuidar da minha casa e ...

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Genetic data of 15 autosomal STR loci: an analysis of the Araraquara population colonization (São Paulo, Brazil)

et al. 2011

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The genetic markers most commonly utilized to determine identity and in paternity testing are autosomal short tandem repeats (STRs); to interpret the DNA analysis, the results of a case have to be compared with a pertinent reference population. Thus, the aim of this work was to characterize the genetic profile of the population of Araraquara (São Paulo, Brazil) by analyzing 15 STR loci included in the PowerPlex(®) 16 System and to correlate these data with the migration history of the population. No deviations from the Hardy-Weinberg equilibrium were observed for any of the loci, after Bonferroni's correction. Forensic parameters exhibited high values, the most polymorphic loci being Penta E, D18S51 and FGA. An unweighted pair-group method with arithmetic mean (UPGMA) tree based on genetic distances showed that the current population of Araraquara is grouped with populations of the southeastern region of Brazil, which are close to the European group but distant from African and Amerindian populations. Estimates of admixture components revealed that the contributions to the population of Araraquara were 76% European, 18% African, and 6% Amerindian.

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Allele frequencies of 15 STRs in a representative sample of the Brazilian population

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Exploring the African genetic influence in the first settlement founded by African slaves in America

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Análise de frequências alélicas de 15 marcadores STR em alunos da Faculdade de Odontologia de Bauru

Genetic data of 15 autosomal STR loci: an analysis of the Araraquara population colonization (São Paulo, Brazil)

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