DOI: 10.11606/d.55.2010.tde-14052010-143653
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Algoritmos evolutivos e modelos simplificados de proteínas para predição de estruturas terciárias

Abstract: AgradecimentosAo finalizar este trabalho, quero expressar minha gratidão a todos aqueles que, direta ou indiretamente, contribuíram para a realização do mesmo.Ao meu orientador, Prof. Dr. Alexandre Cláudio Botazzo Delbem, pela orientação oferecida, pelo incentivo e apoio durante toda a realização deste projeto.Aos meus amigos, que tanto me auxiliaram neste período. Destaco aqui o apoio de Telma Woerle de Lima Soares, Daniel Rodrigo Ferraz Bonetti e Vinícius Veloso de Melo, por comentários e ideias, além de imp… Show more

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“…Algoritmos Genéticos (AGs) podem ser considerados interessantes para problemas com tais características. De fato, tem havido interesse regular em aplicar AGs na determinação da estrutura tridimensional de proteínas [Bonetti, 2010;Cooper et al, 2003;De Lima et al, 2007;Faccioli et al, 2007;Gabriel, 2010;Hoque et al, 2011;Jiang et al, 2003;Nugent et al, 2011;Pedersen e Moult, 1996;Schulze-Kremer, 2003a;Unger, 2004;Unger e Moult, 1993;Zhang et al, 2010]. Uma das características interessantes dos AGs é que eles utilizam uma população de possíveis soluções, o que pode facilitar a fuga de ótimos locais, pelo menos no princípio do processo de otimização.…”
Section: Mapeamentounclassified
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“…Algoritmos Genéticos (AGs) podem ser considerados interessantes para problemas com tais características. De fato, tem havido interesse regular em aplicar AGs na determinação da estrutura tridimensional de proteínas [Bonetti, 2010;Cooper et al, 2003;De Lima et al, 2007;Faccioli et al, 2007;Gabriel, 2010;Hoque et al, 2011;Jiang et al, 2003;Nugent et al, 2011;Pedersen e Moult, 1996;Schulze-Kremer, 2003a;Unger, 2004;Unger e Moult, 1993;Zhang et al, 2010]. Uma das características interessantes dos AGs é que eles utilizam uma população de possíveis soluções, o que pode facilitar a fuga de ótimos locais, pelo menos no princípio do processo de otimização.…”
Section: Mapeamentounclassified
“…No trabalho de [Unger e Moult, 1993], AGs foram empregados no problema de folding com um modelo HP e seu desempenho foi comparado com os métodos convencionais de Monte Carlo e concluiu-se que o desempenho do AG foi superior. Em [Gabriel, 2010], PEP foi utilizado como problema alvo para o desenvolvimento de um AG com modelo HP.…”
Section: 6unclassified
“…Portanto, se uma proteína possui resíduos hidrofóbicos nas extremidades das cadeias laterais, muito provavelmente existem dobramentos nessas cadeias, a fim de se afastarem do solvente, ocasionando mudanças em sua organização tridimensional usual. Dessa forma, a hidrofobicidade é uma característica fundamental no problema de PSP [71].…”
Section: A Interação Da Proteína Com O Meiounclassified
“…No contexto de PSP puramente ab initio, um conjunto de trabalhos tem mostrado que Algoritmos Evolutivos Multiobjetivos (AEMOs) podem contribuir significativamente [79,81,80,120,122,123,121,72,71,29,28,25,27,7,18,26]. A otimização multiobjetivo mostra que, além do espaço de busca (todas as combinações de valores possíveis das variáveis de um problema), há o espaço das funções objetivo.…”
Section: Introductionunclassified
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