La cuenca baja del río Lurín es una de las últimas grandes extensiones de áreas verdes en Lima, capital de Perú, sin embargo es afectada por diversas actividades antrópicas. Ante esta situación, y con el objetivo de mejorar el manejo de los recursos hídricos, se implementó un modelo de calidad del agua con el módulo GESCAL del sistema de soporte a la decisión AQUATOOL. La construcción de la red hidrográfica del río se hizo a partir de los datos recogidos en salidas de reconocimiento, mientras que para modelar la calidad del agua del tramo bajo del río se desarrolló un programa de monitoreo que tuvo como principales parámetros al oxígeno disuelto, DBO5 y Escherichia coli. Con la información obtenida se determinaron primero los coeficientes de degradación de materia orgánica, desoxigenación y reaireación de las secciones del río, y finalmente se parametrizó el modelo. La calibración del modelo en oxígeno disuelto obtuvo un rendimiento de “bueno” a “muy bueno”, con valores de 0.77, 0.23 y 0.8058 para E, RSR y r2, respectivamente; para el caso de la DBO5, se obtuvieron valores de 0.99, 0.01 y 0.9995 para E, RSR y r2, respectivamente; y para la Escherichia coli, valores de 0.99, 0.01 y 0.9993 para E, RSR y r2, respectivamente. Finalmente, se simularon cuatro escenarios, a partir de los cuales se determinó que para alcanzar los objetivos ambientales es necesario mejorar los procesos de las plantas de tratamiento de aguas residuales (PTAR) Manchay y San Bartolo; clausurar el canal de regadío proveniente de la capilla de la zona, e implementar una PTAR en el distrito de Pachacámac. El estudio demuestra la utilidad del sistema AQUATOOL/GESCAL en la toma de decisiones informadas para la gestión de los recursos hídricos a nivel de cuenca.