Aceleradores com CGRAs para Redes Reguladoras de Genes

Abstract

As redes reguladoras de genes são modelos usados para estudar a evolução e o comportamento celular. Uma rede pode ser representada por um grafo Booleano. Os algoritmos podem explorar paralelismo com a implementação dos grafos em FPGAs, porém devido a alta flexibilidade, o mapeamento para o FPGA pode demorar horas. Uma solução é usar um CGRA específico, que pode reduzir o tempo de mapeamento para poucos segundos, entretanto, esta abordagem gera novos desafios. Primeiro, as redes são grafos livres de escala. Segundo, as métricas de custo são diferentes dos CGRAs usuais. Este trabalho aplica a técnica de mapeamento de Simulated Annealing com novas funções de custo considerando especificidades das redes. Três padrões de interconexão foram avaliados para um conjunto de 21 redes reguladoras da literatura.