Accuracy of the malaria epidemiological surveillance system data in the state of Amazonas

Abstract

The Epidemiological Surveillance System for Malaria (SIVEP-Malaria) is the Brazilian governmental program that registers all information about compulsory reporting of detected cases of malaria by all medical units and medical practitioners. The objective of this study is to point out the main sources of errors in the SIVEP-Malaria database by applying a data cleaning method to assist researchers about the best way to use it and to report the problems to authorities. The aim of this study was to assess the quality of the data collected by the surveillance system and its accuracy. The SIVEP-Malaria data base used was for the state of Amazonas, Brazil, with data collected from 2003 to 2014. A data cleaning method was applied to the database to detect and remove erroneous records. It was observed that the collecting procedure of the database is not homogeneous among the municipalities and over the years. Some of the variables had different data collection periods, missing data, outliers and inconsistencies. Variables depending on the health agents showed a good quality but those that rely on patients were often inaccurate. We showed that a punctilious preprocessing is needed to produce statistically correct data from the SIVEPMalaria data base. Fine spatial scale and multi-temporal analysis are of particular concern due to the local concentration of uncertainties and the data collecting seasonality observed. This assessment should help to enhance the quality of studies and the monitoring of the use of the SIVEP database. KEYWORDS: Erroneous data, Database, Health surveillance. Exatidão dos dados do sistema de vigilância epidemiológica da malária no estado do Amazonas RESUMOO Sistema de Vigilância Epidemiológica de Malária (SIVEP-Malária) é um programa governamental brasileiro que arquiva automaticamente todas as informações sobre casos de malária registrados em todas as unidades de saúde e consultórios medicos. O objetivo deste estudo foi avaliar a qualidade dos dados coletados pelo sistema de vigilância e sua precisão. Foram utilizados os dados do SIVEP-Malária para o estado do Amazonas, Brasil, de 2003 a 2014. Um método de limpeza de dados foi aplicado para detectar e remover registros errôneos. Observamos que a coleta de dados não é homogênea entre os municipios e ao longo dos anos. Algumas variaveis tinham diferentes padrões de coleta, falta de dados, dados discrepantes e inconsistências. Dados que dependem do agente de saúde possuem boa qualidade mas aqueles que dependem dos pacientes são frequentemente imprecisos. Mostramos que um pre-processamento meticuloso é necessário para produzir dados estatisticamente corretos a partir do SIVEP-Malária. Analises em escala espacial detalhada ou multi-temporais são particularmente afetadas devido à concentração local de incertezas e a sazonalidade observada na coleta de dados. Esta avaliação deve auxiliar a melhorar os estudos e monitoramentos que fazem uso dos dados do SIVEP. PALAVRAS-CHAVE: Dados erroneos, Base de dados, Vigilância sanitária.

Padrão sazonal dos casos de malária e a relação com a variabilidade hidrológica no Estado do Amazonas, Brasil

“…In order to obtain a higher quality of data on malaria cases, we excluded smear microscopy tests for cure verification (lâminas de verificação de cura -LVC -slides of the same person, whose data were duplicated), negative test results, and data cleaning, as described by Wiefels et al 22 . We used filters for municipality, country, federative unit, and test result to select only allochthonous cases of infection.…”

“…Regardless of significant associations, the disease-climate relationship is complex and indirect, particularly when considering data on malaria cases instead of those on vectors. Despite this limitation, these cases are excellent health indicators and can measure the epidemiological surveillance in the region, in addition to supporting the planning, initiatives, and control in healthcare agencies 22 .…”

Análise Exploratória da Malária na Amazônia Brasileira por Meio da Plataforma de Ciência de Dados aplicada à Saúde

“…Muitos autores fazem uso de técnicas de análise exploratória de dados no contexto do estudo da malária. Wiefels et al [2016] estudaram os dados do SIVEP-Malária no estado do Amazonas entre 2003 a 2014 para avaliar sua qualidade e precisão. Concluíram que existem muitos dados faltantes, dados discrepantes e inconsistências, principalmente naqueles relacionados a informações de pacientes.…”

“…As fontes de dados utilizadas para a análise exploratória englobam um compilado dos dados do SIVEP-Malária e do censo do IBGE. Embora o objetivo do SIVEP-Malária seja para monitoramento e administração da malária, os dados compõem uma excelente fonte para pesquisa científica [Wiefels et al, 2016]…”

Associação entre malária gestacional, restrição do crescimento intrauterino e baixo peso ao nascer na Amazônia extremo-ocidental brasileira.

“…Thus, it is considered an important tool for the analysis of the case's oscillations in different regions and contexts enabling to set effective strategies for controlling actions and malaria prevention (117). Furthermore, it is possible to determine which are the areas or population groups more affected by the disease, thus enabling to direct resources for worst affected regions, intensifying the fight against the disease (118). Additionally, P. falciparum infections were also shown to be associated to some microcephaly cases.…”