Invertebrata (Hewan tak bertulang belakang) mempunyai beberapa peran penting untuk perairan dan ekosistem terumbu karang, baik sebagai bioindikator, ekonomis penting, atau diambil sebagai penghias akuarium. Sebagai contoh bulu seribu (Acanthaster planci) merupakan hewan yang terkenal akan kemampuannya melakukan predasi pada jaringan karang, dan bulu babi (Diadema sp) yang dapat melakukan grazing pada alga di ekosistem terumbu karang. Penelitian ini mempunyai tujuan yaitu mengetahui kelimpahan Invertebrata dan hubungannya dengan indeks bioindikator, ekonomis konsumsi, dan komoditas koleksi. Pengamatan dilakukan Pulau Sempu dibagi menjadi beberapa stasiun, diantaranya Teluk Semut 1, Teluk Semut 2 dan Watu Meja. Pendataan hewan invertebrata di lokasi pengambilan data menggunakan metode Reef Check dengan cara menggelar belt transect sepanjang 100 m yang terbagi menjadi 4 segment sepanjang 20 m. Pengamatan dan pengambilan data dilakukan secara zigzag sehingga data yang dihasilkan lebih lengkap dan dapat mempresentasikan persebaran invertebrata yang ada di setiap stasiun di perairan pulau sempu. Hasil pendataan dari ketiga stasiun ini terdapat sebanyak 1 ekor Banded Coral Shrimp, 2 ekor Diadema urchin, 1 ekor Pencil urchin, 1 ekor Colector Urchin, dan 1 buah Giant clam dengan besar 10-20 cm. Sedikitnya jumlah kelimpahan invertebrata berbanding lurus dengan kondisi terumbu karang yang ada di perairan selat sempu. Beberapa hewan invertebrata yang ditemukan dapat dikonsumsi atau dijual dan menjadi mata pencaharian alternatif selain menangkap dan budidaya ikan. Secara ekologi keberadaan avertebrata laut di Pulau Sempu berperan sebagai salah satu alat biomonitoring kondisi dan kesehatan terumbu karang diperairan tersebut.