A partir de um estudo de caso de caráter descritivo, o artigo apresenta a experiência de resistência de cooperação academia-mercado do Campus Pinheiral do Instituto Federal do Rio de Janeiro. Ainda que sem um amparo institucional caracterizado pela ausência de um contrato, a cooperação academia-mercado persiste há nove anos na instituição. Por outro lado, esse cenário fragiliza a parceria, expõe os envolvidos a riscos jurídicos e inibe novos projetos. Assim sendo, a pesquisa tem o foco em analisar a experiência da instituição no sentido de desenvolver capacidades empreendedoras. O objetivo é realizar reflexões para subsidiar a criação de uma política de gestão da inovação para o IFRJ. A pesquisa expõe a importância do Marco Legal da Inovação para a promoção de segurança jurídica a trabalhos de cooperação academia-mercado. Discute a respeito do papel dos Institutos Federais com a pesquisa aplicada, o desenvolvimento socioeconômico e a interação com o mercado. Além disso, apresenta que o contexto no IFRJ é favorável para o desenvolvimento de capacidades empreendedoras ao considerar o interesse da alta administração. Mas há dificuldades ao ponderar a existência de uma cultura dominante contra a entrada de capital privado na instituição e o desconhecimento da comunidade sobre incentivos legais.