A Unified Conceptual Framework for Metabolic Phenotyping in Diagnosis and Prognosis

Everett, Jeremy R.; Holmes, Elaine; Veselkov, Kirill; Lindon, John C.; Nicholson, Jeremy K.

doi:10.1016/j.tips.2019.08.004

Cited by 23 publications

(35 citation statements)

References 72 publications

(79 reference statements)

Supporting

Mentioning

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…Pathway analysis is useful for finding the biological mechanisms among the identified metabolites. Due to the high level of correlation between mRNAs, proteins, and metabolites as well as between the metabolites belonging to a common pathway, correlation-based methods are used to construct metabolite networks based on the relationship patterns in the experiment data 22 .…”

Section: Discussionmentioning

confidence: 99%

“…Metabolomic profiling provides a practical approach to personalized ophthalmology and has great potential for biomarker discovery for various eye diseases including glaucoma [22][23][24] , age-related macular degeneration 25,26 , diabetic retinopathy 27 , keratoconus 28 , retinal detachment 29 , uveitis 30 , dry eye 31 , and other ocular diseases. Tear fluid 28,32 , aqueous and vitreous humor [33][34][35] , cornea 36 , conjunctiva 37 , and lens 38 samples can be used for metabolomic analysis.…”

Section: Applications Of Metabolomics In Ophthalmologymentioning

confidence: 99%

See 1 more Smart Citation

Metabolomic analysis in ophthalmology

Nazifova-Tasinova

Radeva

Galunska

et al. 2020

Biomed Pap Med Fac Univ Palacky Olomouc Czech Repub

View full text Add to dashboard Cite

Modern science takes into account phenotype complexity and establishes approaches to track changes on every possible level. Many "omics" studies have been developed over the last decade. Metabolomic analysis enables dynamic measurement of the metabolic response of a living system to a variety of stimuli or genetic modifications. Important targets of metabolomics is biomarker development and translation to the clinic for personalized diagnosis and a greater understanding of disease pathogenesis. The current review highlights the major aspects of metabolomic analysis and its applications for the identification of relevant predictive, diagnostic and prognostic biomarkers for some ocular diseases including dry eye, keratoconus, retinal diseases, macular degeneration, and glaucoma. To date, possible biomarker candidates for dry eye disease are lipid metabolites and androgens, for keratoconus cytokeratins, urea, citrate cycle, and oxidative stress metabolites. Palmitoylcarnitine, sphingolipids, vitamin D related metabolites, and steroid precursors may be used for distinguishing glaucoma patients from healthy controls. Dysregulation of amino acid and carnitine metabolism is critical in the development and progression of diabetic retinopathy. Further work is needed to discover and validate metabolic biomarkers as a powerful tool for understanding the molecular mechanisms of ocular diseases, to provide knowledge on their etiology and pathophysiology and opportunities for personalized clinical intervention at an early stage.

show abstract

Section: Discussionmentioning

confidence: 99%

Section: Applications Of Metabolomics In Ophthalmologymentioning

confidence: 99%

Metabolomic analysis in ophthalmology

Nazifova-Tasinova

Radeva

Galunska

et al. 2020

Biomed Pap Med Fac Univ Palacky Olomouc Czech Repub

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…Importantly, both entropy profiles of single metabolites and entropies of one metabolite relative to others that characterize dependencies and correlations between metabolites in a network context need to be considered. In the recent review published by Everett et al [ 165 ], metabolic entropy is considered as one of the four fundamental approaches to the generation and utilization of metabotype data for metabolic phenotyping in diagnosis and prognosis, another being the metabolic network itself.…”

Section: Applications Of Information Theory In Computational Biolomentioning

confidence: 99%

Information Theory in Computational Biology: Where We Stand Today

Chanda

Costa²,

et al. 2020

Entropy

View full text Add to dashboard Cite

“A Mathematical Theory of Communication” was published in 1948 by Claude Shannon to address the problems in the field of data compression and communication over (noisy) communication channels. Since then, the concepts and ideas developed in Shannon’s work have formed the basis of information theory, a cornerstone of statistical learning and inference, and has been playing a key role in disciplines such as physics and thermodynamics, probability and statistics, computational sciences and biological sciences. In this article we review the basic information theory based concepts and describe their key applications in multiple major areas of research in computational biology—gene expression and transcriptomics, alignment-free sequence comparison, sequencing and error correction, genome-wide disease-gene association mapping, metabolic networks and metabolomics, and protein sequence, structure and interaction analysis.

show abstract

“…Finansowanie: Praca finansowana z grantu MNiSW nr 019/RID/2018/19 przyznanego w ramach programu Regionalna Inicjatywa Doskonałości. metabolizmu leków, diagnostyce chorób oraz w dietetyce [7]. W pracy przedstawiono aktualny stan wiedzy dotyczący możliwości wykorzystania fenotypowania metabolicznego w stratyfikacji i personalizacji interwencji dietetycznych.…”

Section: Wprowadzenieunclassified

“…Fenotypem określa się zespół jakościowych i ilościowych wartości cech organizmu. Fenotyp stanowi produkt interakcji między genami a środowiskiem i podlega nieustannym zmianom w życiu organizmu [7]. Na fenotyp mają wpływ różne czynniki, takie jak: genotyp, regulacja ekspresji genów, eksposom czyli wszystkie czynniki środowiskowe, które oddziałują na organizm oraz aktywność drobnoustrojów bytujących w przewodzie pokarmowym [3,7].…”

Section: Fentotypowanie Metaboliczneunclassified

Fenotypowanie metaboliczne w rozwoju dietetyki spersonalizowanej

2020

View full text Add to dashboard Cite

Dieta stanowi ważny modyfikowalny czynnik stylu życia wpływający na ryzyko wystąpienia większości chorób cywilizacyjnych. Prawidłowo dobrana dieta chroni przed rozwojem wielu chorób lub wspomaga ich leczenie. W randomizowanych badaniach klinicznych wykazano, że udzielanie spersonalizowanych porad żywieniowych ma większą skuteczność w porównaniu do zaleceń uniwersalnych zarówno w aspekcie zmiany nawyków żywieniowych jak i leczenia otyłości. W zależności od stopnia zróżnicowania zaleceń żywieniowych i dostosowania ich do indywidualnych potrzeb użytkowników wyróżnić można dietetykę stratyfikowaną, spersonalizowaną i precyzyjną. Nowym polem badawczym pomocnym w rozwoju dietetyki spersonalizowanej jest fenotypowanie metaboliczne, które polega na grupowaniu osób na podstawie ich cech metabolicznych. Liczne badania wykazały, że osoby o odmiennych metabotypach inaczej reagują na dietę lub określone interwencje żywieniowe. Artykuł ma na celu przedstawienie aktualnego przeglądu literatury dotyczącej możliwości wykorzystania fenotypowania metabolicznego w stratyfikacji i personalizacji interwencji dietetycznych. Uwzględniono metody tworzenia fenotypów metabolicznych oraz zaprezentowano badania dotyczące wykorzystania metabotypowania w dietetyce.

show abstract

A Unified Conceptual Framework for Metabolic Phenotyping in Diagnosis and Prognosis

Cited by 23 publications

References 72 publications

Metabolomic analysis in ophthalmology

Metabolomic analysis in ophthalmology

Information Theory in Computational Biology: Where We Stand Today

Fenotypowanie metaboliczne w rozwoju dietetyki spersonalizowanej

Contact Info

Product

Resources

About