A simple and rapid method to purify viral dsRNA from plant and fungal tissue

Abstract

The occurrence of high-molecular-weight double-stranded RNA (dsRNA) is a hallmark of RNA virus infection in plants and fungi; thus, dsRNA profiling is an attractive tool for preliminary diagnosis or characterization of novel RNA viruses. Here, we report a fast, inexpensive, and easy method to purify viral dsRNAs using a micro-spin column method based on a dsRNA isolation protocol using cellulose powder. The dsRNAs can be purified in 1 h and does not require a particular type or source of dsRNA. This method will be useful to rapidly screen tissues for viral genomic and subgenomic dsRNAs.

Perbaikan Metode Ekstraksi dsRNA Virus secara Sederhana untuk RT-PCR Tiga Virus Tumbuhan

“…Metode ini telah diaplikasikan untuk deteksi virus yang tidak dapat ditularkan secara mekanik (Dodds et al, 1984), virus pada tanaman berkayu yang mengandung senyawa fenol dan polisakarida tinggi (Watkins et al, 1990;Jones, 1992), satelit virus, subgenom RNA virus dan mycovirus (Morris & Dods, 1979;Okada, 2015). Molekul dsRNA dengan berat molekul tinggi (> 0,1 ×10 6 Da) ini disintesis ketika replikasi virus RNA di mana pada fase replicative intermediet (RI), sintesis ssRNA membentuk komplementer berupa replika Diterima 19 Juni 2017;diterima untuk diterbitkan 19 September 2017 dari ssRNA (Balijja et al, 2008).…”

“…Metode ekstraksi dsRNA secara sederhana lebih menguntungkan karena diperoleh RNA partikel virus saja secara cepat dan mudah sehingga meminimalkan campuran dengan RNA lain (Okada et al, 2015). Hal ini karena prinsip kerja ekstraksi dsRNA berdasarkan afinitas serbuk selulosa terhadap asam nukleat dan adsorbsi spesifik dsRNA pada konsentrasi etanol 16,6% (Dodds et al, 1984).…”

“…Ekstraksi dsRNA virus mengacu pada metode yang diperkenalkan Okada et al (2015) dengan sedikit melakukan modifikasi. Micro-spin column digunakan untuk mengikat dsRNA, tersusun atas tabung berukuran 0,6 ml yang telah dilubangi ujungnya menggunakan jarum yang ditempatkan ke dalam tabung berukuran 2 ml.…”

“…Seperti diketahui bahwa virus patogen tanaman didominasi oleh virus RNA (dsRNA dan ssRNA). Metode ini merupakan pengembangan dari metode ekstraksi dsRNA yang sebelumnya dikembangkan oleh Valverde et al (1990) menggunakan prinsip kerja titrasi dalam volume yang lebih besar, sementara metode ekstraksi dsRNA sederhana ini dikembangkan Okada et al (2015) ini menggunakan prinsip kerja sentrifugasi untuk memperoleh dsRNA. Berdasarkan hasil analisis biaya bahan kimia yang digunakan dalam metode ekstraksi dsRNA secara sederhana jauh lebih murah dibandingkan metode ekstraksi dengan kit dan tidak memerlukan peralatan khusus.…”

Extracción y purificación de dsRNAs largos de plantas infectadas con virus y hongos; aplicación en la detección e identificación de virus

“…Over the past 50 years, several methods for large dsRNA extraction from virus-infected plant, animal and fungal tissues, as well as bacteria have been reported in the literature (Akin et al, 1998;Balijja et al, 2008;Castillo et al, 2011;Delye and Corio-Costet, 1998;DePaulo and Powell, 1995;Diaz-Ruiz and Kaper, 1978;Franklin, 1966;Dodds, 1979, Morris et al, 1983;Okada et al, 2015;Tzanetakis and Martin, 2008;Valverde et al, 1990) (Table 1). Most of these methods are based on cellulose chromatography, some on enzymatic un satélite y ARN DIs de Cryphonectria hypovirus 3-Grand Haven 2 (Hillman et al, 2000).…”