A real-time RT-PCR method to detect viable Giardia lamblia cysts in environmental waters

Baque, Robert H.; Gilliam, Amy O.; Robles, Liza D.; Jakubowski, Walter; Slifko, Theresa R.

doi:10.1016/j.watres.2011.03.032

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“…The sensitivity of the assay was determined by cloning the gdh assemblage E PCR amplicon into a plasmid vector, and then spiking known amounts of plasmid into faecal samples, extracting the DNA and screening by qPCR. The assay could reliably detect 1 Giardia cyst per µl of faecal DNA extract, which is similar to or better than sensitivities reported previously for Giardia qPCR detection assays (Helmy et al, 2009;Almeida et al, 2010;Baque et al, 2011;Stroup et al, 2012).…”

Section: Discussionsupporting

confidence: 84%

Development of a quantitative PCR (qPCR) for Giardia and analysis of the prevalence, cyst shedding and genotypes of Giardia present in sheep across four states in Australia

Yang¹,

Jacobson²,

Gardner³

et al. 2014

Experimental Parasitology

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This is a PDF file of an unedited manuscript that has been accepted for publication. As a service to our customers we are providing this early version of the manuscript. The manuscript will undergo copyediting, typesetting, and review of the resulting proof before it is published in its final form. Please note that during the production process errors may be discovered which could affect the content, and all legal disclaimers that apply to the journal pertain. cysts g -1 (median = 1.7 x 10 4 ), 63 -1.1 x 10 9 cysts g -1 (median = 9.6 x 10 3 ), 63 -4.7 x 10 9 cysts g -1 (median = 8.1 x 10 4 ) respectively. Assemblage specific primers at the triose phosphate isomerase

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Section: Discussionsupporting

confidence: 84%

Development of a quantitative PCR (qPCR) for Giardia and analysis of the prevalence, cyst shedding and genotypes of Giardia present in sheep across four states in Australia

Yang¹,

Jacobson²,

Gardner³

et al. 2014

Experimental Parasitology

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“…polymerase chain reaction (PCR) [5][6][7][8][9][10][11][12] . These methods give results within hours rather than days, as is the case for conventional detection method (i.e.…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Field portable mobile phone based fluorescence microscopy for detection ofGiardia lambliacysts in water samples

Koydemir

Gӧrӧcs

McLeod³

et al. 2015

SPIE Proceedings

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Giardia lamblia is a waterborne parasite that causes an intestinal infection, known as giardiasis, and it is found not only in countries with inadequate sanitation and unsafe water but also streams and lakes of developed countries. Simple, sensitive, and rapid detection of this pathogen is important for monitoring of drinking water. Here we present a costeffective and field portable mobile-phone based fluorescence microscopy platform designed for automated detection of Giardia lamblia cysts in large volume water samples (i.e., 10 ml) to be used in low-resource field settings. This fluorescence microscope is integrated with a disposable water-sampling cassette, which is based on a flow-through porous polycarbonate membrane and provides a wide surface area for fluorescence imaging and enumeration of the captured Giardia cysts on the membrane. Water sample of interest, containing fluorescently labeled Giardia cysts, is introduced into the absorbent pads that are in contact with the membrane in the cassette by capillary action, which eliminates the need for electrically driven flow for sample processing. Our fluorescence microscope weighs ~170 grams in total and has all the components of a regular microscope, capable of detecting individual fluorescently labeled cysts under light-emitting-diode (LED) based excitation. Including all the sample preparation, labeling and imaging steps, the entire measurement takes less than one hour for a sample volume of 10 ml. This mobile phone based compact and costeffective fluorescent imaging platform together with its machine learning based cyst counting interface is easy to use and can even work in resource limited and field settings for spatio-temporal monitoring of water quality.

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“…Desta forma, as técnicas de reação de amplificação e quantificação de genes comuns às espécies de Cryptosporidium, presentes tanto em amostras clínicas como em amostras ambientais, são consideradas promissoras proporcionando informações precisas de interesse para saúde pública já que podem ser aplicadas tanto em estudos de avaliação de surtos como investigação de casos isolados (VERWEIJ et al, 2003;PLUTZER et al, 2008;YU et al, 2008;RYU et al, 2010;BAQUE et al, 2011;SOUZA et al, 2012). GenBank utilizando a ferramenta BLAST.…”

Section: Em Amostras Ambientais Grande Parte Das Pesquisas De Detecçãunclassified

“…Cryptosporidium apresenta oito cromossomos com extensão de aproximadamente 9.2 milhões de pares de bases e o DNA ribossomal amplificado por meio do gene 18S rRNA apresenta cinco cópias por genoma haploide (esporozoíto) consistindo em 20 cópias por oocisto, favorecendo a sua detecção por este gene (Le BLANCQ et al 1997;BANKIER et al, 2003;XU et al, 2004 (VERWEIJ et al, 2003;PLUTZER et al, 2008;YU et al, 2008;RYU et al, 2010;BAQUE et al, 2011;SOUZA et al, 2012). GenBank utilizando a ferramenta BLAST.…”

Section: Introdução 45unclassified

“…No Brasil, a norma de potabilidade da água vigente, está atenta à importância do monitoramento dos protozoários na água de abastecimento e tornou obrigatória, conforme os princípios do PSA, a pesquisa de Cryptosporidium e Giardia quando for identificada média geométrica anual maior ou igual a 1.000 Escherichia coli/100mL de forma a garantir qualidade da água potável e proteger a saúde da população (BRASIL, 2011b (DiGIORGIO et al, 2002;BAQUE et al, 2011).…”

Section: Introdução 21unclassified

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Quantificação e caracterização genotípica de Cryptosporidium spp.isolados de água bruta superficial e esgoto bruto para a monitorização em mananciais de abastecimento público na Região Metropolitana de São Paulo (RMSP)

Araújo¹

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São Paulo 2015É expressamente proibida a comercialização deste documento tanto na sua forma impressa como eletrônica. Sua reprodução total ou parcial é permitida exclusivamente para fins acadêmicos e científicos, desde que na reprodução figure a identificação do autor, título, instituição e ano da tese.  À Professora Maria Anete Lallo pela amizade, por ter me motivado na área da pesquisa durante a minha graduação e por ser solícita mediante o convite para integrar a banca de avaliação deste estudo; DEDICATÓRIA Ao meu marido Ronaldo, pela cumplicidade e dedicação a mim e ao nosso filhoVictor Hugo durante os quatro anos desta trajetória e por cuidar da nossa família com carinho; Ao meu amigo Adriano Pereira pelos 15 anos de amizade, que mesmo à distância torce por mim e pela minha carreira em todos os momentos; À minha amiga Milena (marida), pelo carinho, apoio intelectual e pessoal, alegrias e tristezas durante toda minha jornada na Faculdade de Saúde Pública/USP. Às minhas amigas Livia Carminato Balsalobre Zillo e Martha Rojas, pois há 10 anos formamos o quarteto que mais deu certo nesta vida porque fomos escolhidas para trilhar este caminho juntas; Às minhas amigas e companheiras de laboratório Bruna Aguiar (Bru) e Mariana Charleaux (Mari), pela amizade e por serem meus braços (direito e esquerdo) na execução deste trabalho; Ao meu amigo Lincohn Zappelini da Silva pela nova amizade e por conceder as fotos dos pontos de coleta utilizadas neste trabalho; Ao meu pai, uma pessoa simples e sábia que me ensinou que a humildade é a melhor virtude do ser humano; À família Nogueira especialmente minhas cunhadas Rosângela e Elisângela pela amizade, apoio e carinho; Por fim... A todos os meus amigos, próximos ou distantes, pela amizade, afinidades e sorrisos, pois os amigos são uma família que podemos escolher. EPÍGRAFE"O acesso à água potável é uma necessidade humana e, portanto, base do direito humano. A água contaminada compromete tanto a saúde física como social de todas as pessoas. É uma afronta à dignidade humana." Kofi Annan Ex-Secretário das Nações Unidas RESUMOAraújo RS. Quantificação e caracterização molecular de Cryptosporidium spp. isolados em água bruta superficial e esgoto bruto para a monitorização em mananciais de abastecimento público na região Metropolitana de São Paulo (RMSP) [Tese de Doutorado]. São Paulo: Faculdade de Saúde Pública da USP; 2015.As doenças de veiculação hídrica, sobretudo aquelas causadas por protozoários intestinais, emergiram como um dos principais problemas de saúde pública. Diferentes aspectos são abordados sobre a biologia e a epidemiologia dos principais protozoários parasitas de transmissão hídrica. Cryptosporidium está descrito como um importante parasita associado a casos de surtos de veiculação hídrica e alimentos no mundo. A epidemiologia complexa desse protozóario e o fato de que a maioria das espécies e genótipos não pode ser diferenciada morfologicamente, aumentam o interesse por metodologias sensíveis e rápidas na detecção de espécies responsáveis pela infecção...

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A real-time RT-PCR method to detect viable Giardia lamblia cysts in environmental waters

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Development of a quantitative PCR (qPCR) for Giardia and analysis of the prevalence, cyst shedding and genotypes of Giardia present in sheep across four states in Australia

Development of a quantitative PCR (qPCR) for Giardia and analysis of the prevalence, cyst shedding and genotypes of Giardia present in sheep across four states in Australia

Field portable mobile phone based fluorescence microscopy for detection ofGiardia lambliacysts in water samples

Quantificação e caracterização genotípica de Cryptosporidium spp.isolados de água bruta superficial e esgoto bruto para a monitorização em mananciais de abastecimento público na Região Metropolitana de São Paulo (RMSP)

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