A real-time PCR assay for the differentiation of Candida species

Abstract

Aims: We established a real-time PCR assay for the detection and strain identification of Candida species and demonstrated the ability to differentiate between Candida albicans the most common species, and also Candida parapsilosis, Candida glabrata, Candida tropicalis and Candida dubliniensis by LightCycler PCR and melting curve analysis. Methods and Results: The DNA isolation from cultures and serum was established using the QIAmp Tissue Kit. The sensitivity of the assay was >/= 2 genome equivalents/assay. It was possible to differentiate all investigated Candida species by melting curve analysis, and no cross-reaction to human DNA or Aspergillus species could be observed. Conclusions: The established real-time PCR assay is a useful tool for the rapid identification of Candida species and a base technology for more complex PCR assays. Significance and Impact of the Study: We carried out initial steps in validation of a PCR assay for the detection and differentiation of medically relevant Candida species. The PCR was improved by generating PCR standards, additional generation of melting curves for species identification and the possibility to investigate different specimens simultaneously

Development of a Real-Time Polymerase Chain Reaction Method for the Identification of Candida Species

“…Hızlı ve kesin tanımlama ile fungal enfeksiyonların etkin antifungal ilaçlar ile tedavisi mümkün olabilecektir. Geleneksel yöntemlerle mayaların tanımlan-ması zaman alıcı olduğundan, hastaya erken dönemde uygun antifungal ilaç başlanması gecikebilmektedir 27,28 . Gerçek zamanlı PCR, Candida türlerinin tanımlanmasında kullanılmasına karşın, bu protokollerin rutin kullanıma girebilmesi için geliştirilmesine ihtiyaç .…”

“…Geliştirilen Rt-PCR testinin en önemli avantajı dört saat içerisinde örnek içerisindeki Candida türünü saptayabilmesi, tanımlayabilmesi ve kantite edebilmesidir. Tanımlama için geçen zamanın kısa olması, hastaların erken dönemde doğru ve etkin antifungal ilaç ile tedavi edilmesine olanak sağlayarak, mortalite ve morbiditenin azaltılmasına önemli katkıda bulunacaktır 27,28 . Bu çalışmada, bir çift primer ve prob kullanımı ile altı farklı Candida türünün tanım-lanabilmesi, çok sayıda primer ve prob kullanarak tanımlama yapan çalışmalara oranla öncelikle maliyet avantajı sağlamaktadır.…”

Desenvolvimento de primers para identificação e diferenciação de espécies de Candida em secreção vaginal por PCR em tempo real (qPCR)

“…Para isso, foram utilizados quatro primers senso espécie-específicos e um primer antisenso universal, diferentemente do presente trabalho, no qual apenas um par de primers foi usado para identificação de ao menos cinco espécies de Candida. Diversos outros estudos também já desenvolveram metodologias para identificação a partir de PCR ou técnicas derivadas (qPCR, qPCR-HRM, probe-based-qPCR), entretanto são utilizados mais de um par de primers, como citado acima, ou metodologias que elevam o custo para obtenção dos resultados (FRICKE et al, 2010;LEHMANN et al 2011;NEMCOVA et al, 2015).…”

Viable quantitative PCR for assessing the response of Candida albicans to antifungal treatment

“…Many efforts have been focused on the detection of Candida albicans using molecular techniques, such as quantitative PCR (qPCR) (Fricke et al 2010;Khan et al 2009;Maaroufi et al 2003). However, the major disadvantage of qPCR is its inability to differentiate between viable and non-viable cells.…”